Первым осудил янсенизм папа Урбан VIII в 1642 году. Однако этим он скорее стимулировал его к противостоянию, которое длилось целое столетие. На основе учения Янсения во Франции возникло целое движение, в которое включились в одинаковой мере священнослужители, светские лица, аристократы и интеллигенция. Затем Иннокентий X по инициативе иезуитов в своей булле «Cum occasione» квалифицировал как еретические пять тезисов книги Янсения «Августин». (Обыкновенно, проанализировав выхваченные из нее, зачастую произвольно, одну или несколько фраз, доказывали, что труд этот отклоняется от догмы.) Кардинал Мазарини обращал внимание на необходимость принятия папой решения, но янсенизм тогда только начал по-настоящему выходить на арену.
Дискуссия обострилась по двум причинам. Одна из них — это то, что был поставлен под сомнение папский примат: по мнению янсенистов, епископы должны обладать равными с папой правами. Из этого следовало, что они не принимали тезис о непогрешимости папского пастырского учреждения. Другая причина состояла в том, что янсенизм вступил в тесный контакт с идеей национального государства. Янсенисты были выразителями идеи рационального управления как государством, так и церковью. Янсенизм хотел достичь модернизации религии посредством перехода церкви на более пуританский путь и с помощью государства. Оформлялось это через секуляризацию, в рамках которой могли объединиться национальная церковь и национальное государство. Протестантской чертой у янсенистов было и то, что они обращались к нации. Они начали переводить различные произведения (например, Священное писание) и, порвав с барочным стилем, выражались простым и понятным языком. Именно поэтому янсенизм смог стать одной из основ литературы, переживавшей во время Людовика XIV пору своего расцвета. Но в конце концов янсенизм не смог найти общую платформу с галликанством, потому что целью абсолютного монарха была не модернизация религии и церкви, а только их подчинение своей власти.
Центром янсенизма стал расположенный вблизи Парижа аристократический и богатый цистерцианский женский монастырь Пор-Рояль. Связи его настоятельницы Анжелики Арно простирались от Сорбонны до королевского двора. Старший брат настоятельницы, Антуан Арно, был профессором теологии в Сорбонне. К ним присоединились такие выдающиеся мыслители и писатели, как Паскаль и Расин. Даже сам кардинал Ретц сочувствовал им. «Провинциальные письма» (1656) Паскаля, написанные в уединении в Порт-Рояле, содержат в себе резкую критику современного ему общества с позиций антиклерикализма. Начиная с эпохи Просвещения и вплоть до наших дней литература, направленная против иезуитов, черпает аргументы из этого источника.