Но если янсенизм нападал на папство изнутри, то сокрушительный удар по его универсальной духовной власти нанесли свободные от религиозных форм идеи Просвещения. Это новое духовное направление появилось во второй половине XVII века в буржуазной Англии и своей сокрушительной критикой средневековых миропонимания, морали и уровня научных знаний открыло путь невиданному развитию современной техники, науки и человеческой цивилизации. Просвещение становится уже идеологией, стремящейся к политической власти, овладевающей всей полнотой жизни буржуазии, идеологией, которая положила конец религиозным и расовым предрассудкам и объявила борьбу за общечеловеческие права. Перекинувшись из Англии на континент, Просвещение во Франции — в области политики, а в Германии — в области науки нанесло удар по религии и церкви; папство, застрявшее на контрреформации, уже не могло эффективно противостоять этому удару.
Наступление Нового времени впервые довел до сознания римских пап «самый католический из королей» — Людовик XIV (1643–1713): в области внутренней политики — своим неограниченным государственным абсолютизмом (галликанством), а в области внешней политики — своей европейской гегемонией. Папы того времени оказались слишком слабыми и серыми, чтобы выйти из тени «короля-солнца».
Упадок авторитета папского престола стал очевидным во время понтификата Александра VII (1655–1667). Кардинал Фабио Киджи принимал участие в качестве кельнского нунция в катастрофических для папства переговорах по заключению Вестфальского мира и там стал политическим противником кардинала Мазарини. С 1651 года он был кардиналом-статс-секретарем папы Иннокентия X. С тех пор редкостью считалось, чтобы бывший статс-секретарь папы избирался папой. Ведь он уже был связан с определенным политическим курсом. Став папой Александром VII, Киджи вначале не пускал в Рим своих родственников, желая положить конец непотизму. Однако традиция оказалась сильнее. Вскоре в курии опять появились родственники папы, но власть их была уже далеко не такой, как в эпоху Ренессанса или барокко.
При Александре VII изменилось управление курией. Папа порвал с методами произвола в управлении; сам он не очень-то вмешивался в государственные дела, а доверял их кардинальским конгрегациям. Папа Александр создал кардинальскую конгрегацию, охватывающую управление Церковным государством, из которой затем сформировался папский государственный секретариат. Таким образом, и церковное управление все больше подпадает под влияние папских придворных. Александр VII ввел институт папских прелатов. Этот сан получали не епископы, а главным образом куриальные священнослужители, имевшие заслуги перед папой. Курия стала замкнутой организацией римской аристократии. Александр VII выдвигал людей только из знатных аристократических семей. Власть была в руках древних римских родов (Савелли, Конти, Орсини, Колонна, Гаэтани), а также семей, выдвигавших кандидатов в папы. Таким образом, середина и вторая половина XVII века стала в Риме порой расцвета аристократии. Замкнутость имела также и национальный характер; Александр VII назначил 38 кардиналов, из которых 33 были итальянского происхождения. В аристократической атмосфере курии монашеские ордена начали считать лишними, а орден иезуитов просто стал неудобен. Это засилье в руководстве церковью аристократических посредственностей также сыграло свою роль в том, что в XVII–XVIII веках почти не было выдающихся пап.