Своим статс-секретарем Пий VII выбрал несомненно способного политика кардинала Консальви. Новый папа освободился от опеки австрийцев и 3 июня 1800 года в сопровождении торжественного эскорта из венгерских гусар въехал в Рим. В качестве программы своего понтификата он назвал реставрацию Церковного государства, реорганизацию центрального управления церковью и, наконец, упорядочение отношений с французской церковью.
В 1799 году во Франции Наполеон в качестве первого консула путем государственного путча захватил в свои руки власть. Диктатор, бывший в религиозном отношении совершенно равнодушным человеком, признал роль религии и церкви в консолидации буржуазного строя, в ликвидации революционной ситуации. Для укрепления своей собственной власти он использовал то обстоятельство, что и буржуазное общество не может долго обходиться без религии. Признаком сближения явилось то, что в заключенном в 1801 году Люневильском мире Наполеон сделал возможным восстановление Церковного государства в толентинойских границах. О готовности Наполеона к соглашению свидетельствовала и его речь, произнесенная в мае 1800 года перед миланским духовенством, в которой он четко охарактеризовал религию и церковь как основу консолидации, как залог порядка и спокойствия. Новым жестом с его стороны было предоставление возможности трем тысячам французских священнослужителей-эмигрантов вернуться на родину. Для стремившегося к самодержавию и к окончательному «закрытию» буржуазной революции Наполеона консервативные церковь и духовенство были явными союзниками. Как реально мыслящий политик, Бонапарт понимал, что за долгие столетия своего существования католицизм глубоко пропитал народные массы и общество. И в интересах укрепления политического строя он искал согласия с ним.
В то же самое время и со стороны папы наличествовала готовность к компромиссу. Пий VII с самого начала был сторонником соглашения и проявил умеренность по отношению к новой европейской великой державе. Он стремился к тому, чтобы включить католическую церковь и папство в новые рамки, созданные буржуазными преобразованиями. Пий VII хотел избежать того, чтобы вместе с обреченным на гибель прошлым сгинула бы и церковь.
В результате взаимного сближения в ноябре 1800 года в Милане начались переговоры о конкордате. Хорошей основой для них явилось то обстоятельство, что папа принял к сведению секуляризацию церковной собственности и признал за первым консулом (Наполеоном) право назначения епископов. После этого сам Консальви поехал в Париж для ведения переговоров с Наполеоном.