В конце декабря 1797 года во время возникших в Риме уличных беспорядков папские телохранители открыли огонь по толпе и смертельно ранили французского генерала Дюфо. Возмездие не заставило себя долго ждать: 15 февраля 1798 года французская армия под предводительством генерала Бертье захватила Рим. Римляне провозгласили республику, а папа был лишен светской власти. (Затем Римская Республика в конце февраля присоединилась к Франции.) Папские телохранители и швейцарская гвардия были разоружены. Старого и больного (восьмидесяти одного года) папу арестовали, и через Сиену, Флоренцию, а потом Гренобль он был доставлен в марте 1799 года в крепость Баланс, где в конце августа и умер. Однако перед своей смертью он наделил кардиналов особыми полномочиями по избранию нового папы.
Казалось, вместе со смертью сосланного и заточенного в тюрьму папы погибло и само папство. Римом владела Французская Республика, кардиналы же либо были разбросаны по разным краям, либо попали в тюрьму. Однако поражение и унижение явились источником новых сил: через год-два выяснилось, что и буржуазное общество нуждается в религии, а следовательно, и в церкви и папстве.
Созыв нового конклава в Римской Республике был невозможен. В соответствии с завещанием Пия VI выборы должны быть проведены там, где находилось наибольшее количество кардиналов. В 1799 году неаполитанская, австрийская и русская армии выбили французов из Италии, столица пап оказалась оккупированной неаполитанцами, и те реставрировали там монархию. Наконец, новый конклав собрался в находившейся под австрийским владычеством Венеции. 30 ноября 1790 года в монастырь Святого Джорджо Маджиоре на конклав явились 35 из 46 кардиналов, чтобы избрать из своей среды нового папу. Безопасность конклава обеспечивали австрийцы; они же финансировали и его расходы. Кардиналы заметно находились под австрийским давлением. Наряду с присутствовавшим на конклаве кардиналом Баттяни интересы венского двора представлял в первую очередь Сомбатхейский епископ кардинал Герцан.
В результате трехмесячного совещания папой был избран на компромиссной основе ставленник австрийской партии бывший монах-бенедиктинец, епископ из Имолы кардинал Барнаба Чиарамонти, взявший имя Пия VII (1800–1823). Однако новый папа не оправдал надежд австрийцев. Он не присоединился к контрреволюционной коалиции, а явился сторонником выработки модус вивенди, основанного на реформировании отношений с французами и на буржуазных преобразованиях. Еще будучи епископом Имолы, он тоже не спасся от захватившего город Наполеона, но тем не менее искал возможности согласования и координации буржуазного строя, демократии и христианства.