Однако Европа находилась в то время еще в самом разгаре секуляризации. Люневильским мирным договором 1801 года Наполеон принудил Германскую империю к секуляризации владений и состояния князей церкви. В результате двухлетних торгов в феврале 1803 года регенсбургское имперское собрание постановило провести секуляризацию. В руки светских властей были переданы владения и состояния трех церковных курфюрстов — Кельнского, Майнцского и Трирского архиепископов. (Начиная с этого времени, Кельнский и Трирский архиепископы больше уже не были курфюрстами, а Майнцский остался им.) Аналогичным образом были секуляризированы владения 22 архиепископств и епископств, 80 аббатств и более чем 200 монастырей. Ставшая, по существу, бедной, церковь империи отказалась также и от 18 своих университетов. Секуляризация и военные поражения Австрии укрепили на территории Германской империи влияние протестантской Пруссии. Рожденная еще в средние века Священная Римская империя германской нации окончательно ушла в прошлое. Император Франц II (1792–1835) принял на себя в 1804 году титул австрийского императора. Отказавшись в 1806 году от титула императора Римской империи, он в качестве императора Австрии и короля Венгрии правил под именем Франца I. На территории Австрийской империи Габсбурги продолжали иозефистскую церковную политику, и Франц I не был даже склонен заключать конкордат с папой Пием VII.
Торжественной демонстрацией взаимопонимания французского государства и папства, характера их взаимоотношений явилась коронация 2 декабря 1804 года в соборе Парижской богоматери Наполеона, принявшего титул французского императора. Диктатор потому нуждался в содействии папы, что источником конституционной императорской власти он провозгласил уже не волю народа, а волю и милость Божью. Императорская власть могла быть узаконена только при содействии папы; церковь же при этом становилась ее оплотом. Но если Карл Великий отправился в Рим за императорской короной, то Наполеон призвал папу к себе на праздник коронации. Поддавшись уговорам Талейрана, Пий VII добровольно вызвался на это. Церемония, назначенная на 2 декабря, началась с запозданием: императорская чета заставила папу два часа дожидаться их в соборе Парижской богоматери. Наполеон принял от папы только помазание святым елеем и, к крайнему удивлению Пия VII, сам взял у него из рук корону и водрузил ее себе на голову. Императрица Жозефина тоже получила корону милостью Божьей, но из рук своего супруга. Эта сцена явила собой нечто большее, чем мелочное унижение папы. Наполеон показал этим всему миру, что источником своей власти является он сам и что он не нуждается в папе для опосредствования милости Божьей. Присутствие наместника Христа придало больший блеск празднеству, его «ассистирование» только еще больше закрепило императорскую власть.