Начиная с этого момента Наполеон все более сознательно стал стремиться к тому, чтобы поставить институт папства себе на службу. Он попытался даже уговорить папу остаться и перенести курию в Авиньон или в Париж. Наполеон хотел сохранить папство, но отводил ему лишь такую роль, какую Карл Великий или Филипп Красивый отводили авиньонским папам. Курия должна была стать религиозным центром наполеоновской империи, органом церковно-политического надзора над остальными национальными церквами. Папа был обречен на роль наполеоновского патриарха.
Пий VII понял смысл сцены в соборе Парижской богоматери и никоим образом не хотел оставаться во Франции. Несмотря на свои обиды, он, однако, с лояльностью признавал, что Наполеон спас французскую церковь от гибели; кроме того, в деле материальной поддержки духовенства, сохранения католических учреждений император отнюдь не давал повода обвинять его в скупости. Тем не менее, исходя из интересов вселенской церкви и папства, Пий VII не пожелал добровольно брать на себя роль придворного капеллана Наполеона.
В мае 1805 года Пий VII вернулся в Рим и повел нейтралистскую политику по отношению к великодержавным боям, разыгрывавшимся в Европе. Вскоре выяснилось, что компромисс буржуазного государства и феодальной церкви не может быть прочным и длительным. Коренные интересы папства влекли его в лагерь контрреволюционной реакции. В конце 1805 года папа через Консальви выразил протест против оккупации французами Неаполитанского королевства, поскольку он продолжал считать его папской вассальной территорией. В ответ на это Наполеон вынудил папу уволить Консальви. А французская армия оккупировала «втиснутые» между неаполитанскими землями папские владения Беневенто и Понтекорво.
Противоречия между Наполеоном и Пием VII еще больше обострились в связи с двумя новыми моментами. Во-первых, папа не пожелал расторгнуть брак Наполеона с Жозефиной. Тем самым он стал препятствием на пути осуществления династических планов Наполеона посредством заключения брака с дочерью Франца I — Марией Луизой. Во-вторых, папа в соответствии со своей нейтралистской позицией не принимал участия в континентальной блокаде. Тем самым Пий VII противодействовал планам Наполеона против Англии, направленным на осуществление полной континентальной блокады. Папа не мог ожидать помощи даже от австрийцев, когда в феврале 1808 года французы снова оккупировали прибрежную часть Церковного государства и Рим. В апреле Наполеон присоединил к Итальянскому королевству четыре новых провинции (марки). Тогда папа открыто обратился за помощью к европейским державам, но никто и пальцем не пошевелил для его защиты. В начале сентября 1808 года французские войска окружили Квиринал, резиденцию папы, и направили дула шести орудий на его жилые покои. В конце концов в мае 1809 года Наполеон ликвидировал Церковное государство, а Рим и его окрестности (Лацио и Умбрию) присоединил к Франции. В ответ на это Пий VII 10 июня 1809 года отлучил Наполеона от церкви, как покусившегося на Patrimonium Petri (наследство Петра). Императора не особенно смутило сопротивление папы. На его буллу об отлучении Наполеон лаконично ответил: «Противодействие папы не лишило меня ни одного католического солдата».