Борьба Пия VII с Наполеоном была последней борьбой папы с императором, в которой идеи еще играли какую-то роль, хотя и незначительную. Победа буржуазной революции над феодальной церковью и ее системой мышления была необратимой, однако из борьбы Наполеона, представлявшего буржуазные идеи, и Пия VII, представлявшего прошлое, папство снова вышло победителем, правда, в историческом плане только временно. В апреле 1814 года в Фонтенбло Наполеон подписал акт о своем отречении.
Вернувшийся в Рим Пий VII заключил соглашение с повернувшим против Наполеона королем неаполитанским маршалом Мюратом, который пытался таким путем спасти свое королевство. Мюрат вернул папе захваченные Лацио и Умбрию, а в обмен на это папа признал его Неаполитанское королевство. (В то же время вступившие в Италию австрийские войска спешно заняли Болонью, Феррару и Равенну.) Пий VII снова назначил Консальви своим стаст-секретарем, и они вместе приступили к восстановлению Церковного государства и всего управления церковью. 7 августа 1814 года своей буллой «Sollicitudo omnium» папа восстановил иезуитский орден, который в XIX веке вновь приобрел большое влияние. Пять дней спустя Пий VII запретил католикам переступать порог масонских лож. В Риме контрреволюционная реставрация привела к господству строго консервативного церковного духа.
Во время стодневной попытки Наполеона совершить реставрацию Мюрат (являвшийся зятем Наполеона) снова стал на сторону экс-императора и в марте 1815 года вторгся на территорию Церковного государства. Спасаясь от неаполитанцев, Пий VII бежал в Геную. Мюрат же потерпел поражение в битве с австрийцами, попал к ним в плен и был казнен. В июле 1815 года папа окончательно вернулся в Рим.
Возвращение папству светской власти произошло на Венском конгрессе 1814–1815 годов. На этом великом европейском конгрессе папу представлял Консальви, который вновь встретился там со своими давними противниками — Талейраном, являвшимся министром иностранных дел Франции, и австрийским канцлером Меттернихом. Вначале державы занимали неоднозначную позицию относительно судьбы Папского государства. Консальви выступил с претензией на восстановление Церковного государства в его донаполеоновских границах. Австрия же цеплялась за свои новые захваты в Италии и хотела сохранить за собой захваченные в 1814 году папские провинции (Болонью, Феррару и Равенну). Талейран оставался нейтральным в этом споре, в то время как в лице некатолических держав (Англии, Пруссии и России) глава католической церкви получил эффективную поддержку — ведь они не были заинтересованы в дальнейшем усилении австрийского влияния в Италии.