В войне с Наполеоном Австрия потерпела новое поражение; она вынуждена была заключить мир, скрепив его даже династическим браком. Теперь не было уже никаких препятствий для полной ликвидации папства. По приказу императора 6 июля 1809 года папа был арестован и увезен во французский город Савону, где его содержали под домашним арестом во дворце епископа; вместе с ним был арестован и статс-секретарь Пакка. По распоряжению Наполеона курия и куриальные кардиналы перебрались в Париж, чтобы здесь создать центральное управление церковью, уже без папы. (Предварительно из Рима были изгнаны 14 враждебных по отношению к Франции кардиналов.) Из 29 кардиналов, переехавших в Париж, 13 были лишены Наполеоном своего сана и доходов за то, что посчитали незаконным его брак с Марией Луизой. (После этого их стали называть черными кардиналами.)
Папу, который даже в заточении продолжал сопротивляться Наполеону, находившемуся в зените своей власти, пытались сломить с помощью французского национального собора. Однако собравшийся в 1811 году собор — хотя во многих отношениях выполнил желания императора — не выказал склонности действовать против папы. Тогда Наполеон разогнал собор и аннулировал конкордат 1801 года. Главное свое внимание он сконцентрировал на судьбоносном, по его мнению, русском походе. Перед началом похода (в первых числах июня 1812 года) он перевел Пия VII из Савоны в Фонтенбло, где папа содержался под строгим надзором.
Фиаско, которое потерпел Наполеон в русском походе, поколебало его власть. В начале января 1813 года побитый император лично посетил пленного папу. Совершенно растерянный и дезориентированный относительно происходящих событий, Пий VII поддался уговорам Наполеона и подписал проект нового конкордата, в котором папа почти по всем позициям уступал желаниям Наполеона. Так, в частности, он отказался и от Церковного государства и готов был принять от Наполеона компенсацию в сумме двух миллионов франков ежегодно; он отказался также от назначения епископов и взял на себя обязательство утвердить вновь назначенных епископов. Наполеон хотел поднять свой пошатнувшийся политический авторитет посредством победы над папой, своим успехом в области церковной политики, не говоря уже о том, что теперь он еще больше нуждался в поддержке церкви. Папа вновь мог встречаться со своими любимыми кардиналами — Консальви и Пакка, которые, однако, просветили его в отношении подлинного положения дел. Они уговорили его в конце марта 1813 года взять назад свое предварительное согласие на проект нового конкордата. Наполеон же в это время был полностью поглощен мыслями о вооруженной защите Франции, а папство потеряло для него какое-либо значение. Папе было разрешено вернуться в Савону; после же поражения Наполеона под Лейпцигом папа обратился к победителям с просьбой о реабилитации и реставрации его государства. Потерпев новые военные поражения, Наполеон разрешил Пию VII вернуться в Рим, и 24 мая 1814 года папа въехал в Вечный город.