С лета 1943 года Ватикан оказался вблизи зоны военных действий. 19 июля 1943 года был совершен первый американский воздушный налет на Рим. В результате бомбардировки оказалась разрушенной также церковь Сан Лоренцо фуори ле Муре. Пий XII немедленно поспешил на место разрушений. В полном торжественном облачении первосвященника он опустился на колени перед еще дымящимися обломками и совершил молитву, утешил пострадавших, раздал даяния среди жертв бомбардировки. 25 июля 1943 года пала фашистская диктатура Муссолини. Сразу же под воздействием изменившихся обстоятельств Пий XII способствовал тому, чтобы руководитель разгромленной фашистами Народной партии де Гаспери, который в период между 1929 и 1943 годом находился во внутренней эмиграции и был служащим Ватиканской библиотеки, приступил к созданию антифашистского, демократического католического движения «Христианская демократия». Однако нацисты не смотрели безучастно на развитие событий, а вошли в Рим. 13 сентября немецкий гарнизон окружил Ватикан, и папа практически стал пленником немцев. После таких событий папа Пий XII выступил на рождество с речью, которую он произнес в еще оккупированном фашистами Риме.
В конце 1943 года в Тегеране совещались Сталин, Черчилль и Рузвельт. Рождественская речь Пия XII, естественно, находилась под воздействием исторической по своему значению конференции. Тегеранская встреча закончилась компромиссом, в соответствии с которым с целью успешного завершения войны, по крайней мере, на том этапе была отвергнута возможность сепаратного мира с немцами, но многие вопросы, главным образом касающиеся послевоенного устройства, остались нерешенными. Папа хотя лишь косвенно, но решительно выразил свою симпатию к союзникам, ожидая от их быстрой победы достижения мира. Этому также способствовало участие католических организаций в антифашистском Движении Сопротивления. В итальянском Движении Сопротивления, добившемся серьезных военных успехов, сражались католические массы, и одним из руководителей этого движения был христианский демократ. Успехи Движения Сопротивления в значительной степени оказали влияние и на поведение Ватикана.
1944 год был годом решающих побед союзников над фашистскими государствами. 5 июня 1944 года союзники вошли в Рим. Пий XII в молитве, произнесенной на площади Святого Петра, возблагодарил Бога за освобождение. На другой день после освобождения Рима, 6 июня 1944 года, союзники высадились в Нормандии: начался последний этап войны. После освобождения Рима война, частично и в Италии, продолжалась еще почти год. В Северной Италии развернулось широкое антифашистское, национально-освободительное движение, перешедшее в народно-демократическую революцию. Изменилось и положение Святого престола: Пий XII получил полную свободу маневра, его речи теперь уже не были обусловлены позицией по отношению к фашистским оккупантам.