На торжественное открытие II Ватиканского собора в храм Святого Петра прибыло 2540 соборных отцов. Заседания собора проводились тоже в этом храме. II Ватиканский собор был самым многолюдным собранием в истории церкви. Впервые в истории церкви 18 некатолических церквей приняли приглашение папы. В своей речи при открытии собора 11 октября 1962 года Иоанн XXIII снова заявил, что задачей собора является соответствующее обновление церкви, ее разумная реорганизация, чтобы тем самым церковь продемонстрировала свое понимание развития мира и подключилась бы к этому процессу. Это был знаменательный момент открытия, момент прорыва. Обращаясь к решениям Тридентского и I Ватиканского соборов, папа высказал пожелание, чтобы результатом настоящего собора стала открытая миру церковь. Выход из изоляции и сепаратизма и приток свежего воздуха в древнее здание церкви могут осуществиться не путем прокламирования новых догм и тем более не путем осуждений, а посредством ясного и современного изложения соответствующих религиозных истин. Папа Иоанн неоднократно заявлял, что церковь располагает уже вполне достаточным количеством догм, дефиниций и суждений; задача собора не в отвергающем, непогрешимом осуждении, а в проведении конструктивных реформ. Действительно, II Ватиканский собор потому и стал эпохальным событием, что не принял ни одной новой догмы.
Первая сессия собора проходила между 11 октября и 8 декабря 1962 года. Председательствовали на заседаниях по очереди десять назначенных папой членов президиума. Некоторые заседания начинались с молитвы, попеременно на латинском и греческом языках. Положительную созидательную работу первой сессии парализовала борьба между поддерживаемой большинством курии консервативной партией интегристов и резко противостоящими ей епископами, принимающими реформаторские взгляды прогрессивных теологов. Успех партии реформ зависел от того, сумеет ли она вырвать из рук курии и консервативной партии руководство собором.
Путч произошел сразу же, на первом заседании, 13 октября 1962 года. Президиум собора предложил, чтобы в состав десяти комиссий собора, занимавшихся разработкой проектов решений и предварительным обсуждением их, были доизбраны и так уж находящиеся там в явном большинстве куриальные и консервативные церковники. Однако выступление прогрессистов во главе с кардиналами Беа и Сюэненсом увенчалось успехом. Французский кардинал Лиенар предложил на заседании отложить довыборы комиссий, поскольку «соборные отцы» еще недостаточно знают друг друга. Это предложение поддержал и кельнский архиепископ кардинал Франгс. Большинство собора приняло предложение оппозиции. Тем самым аджорнаменто одержало первую большую победу на соборе. Президиум отложил заседания собора. 16 октября на выборах список оппозиции собрал большинство голосов. Таким образом, в комиссиях (одна треть членов которых была назначена папой) было обеспечено соответствующее представительство прогрессистов.