7 декабря 1965 года состоялось последнее заседание II Ватиканского собора. На нем были приняты еще 4 декрета: декрет о службе и личной жизни священнослужителей («Presbyterorum ordinis»), в котором, однако, вопрос о целибате остался открытым; декрет о миссионерской деятельности церкви («Ad gentes»); декларация о свободе вероисповедания («Dignitatis humanae») и, наконец, второй важнейший документ собора — духовно-пастырская конституция об отношениях церкви с современным миром («Gaudium et spes»).
Эта конституция, определяющая деятельность священнослужителей, явилась самым пространным, вызвавшим множество споров и не раз полностью перерабатываемым документом собора. Он содержит наибольшее количество новых идей, определяет место, занимаемое церковью в мире, ее отношение к обществу и государству, а также задачи и призвание церкви в современном мире. На его подготовку и редактирование большое влияние оказала энциклика Иоанна XXIII «Pacem in Terris». Руководителем комиссии по разработке конституции был влиятельнейший член партии реформ кардинал Сюаненс, но в работе над документом принимал участие и кардинал Кароль Войтыла. Окончательная редакция конституции выдержана в духе аджорнаменто. Ее исходный пункт — автономия земных дел, которая, в свою очередь, делает возможным для церкви диалог с миром. Конституция рассматривает структуру общества, вопросы семьи и брака, анализирует отношения церкви и современной культуры, вопросы экономической жизни. Труд, созидательный труд она считает центральной частью самоосуществления человека.
8 декабря 1965 года в храме Святого Петра состоялось торжественное закрытие II Ватиканского собора. Павел VI 3 января 1966 года сформировал шесть постоянных, пять специальных и одну координационную комиссию для истолкования и осуществления решений собора. Тем самым собор реформ закончился.
Еще в разгар работы собора, 6 августа 1964 года, появилась первая, программная энциклика Павла VI («Ecclesiam suam»). Эта энциклика отразила те изменения, которые характеризовали Павла VI в отличие от Иоанна XXIII: в положении о «возвышенном прогрессе» упор делался теперь на взвешенность, сдержанность. Эта энциклика искала равновесие между прогрессивными и консервативными силами, и уже ясно было, что и сам папа в догматических и внутрицерковных вопросах остается пленником своего консервативного воспитания и наследия Пачелли.
Энциклика «Ecclesiam suam» во многих отношениях явилась шагом назад по отношению к энциклике «Pacem in Terris». Хотя главной темой оставался диалог, вести его, согласно энциклике Павла VI, можно было только исходя из укрепившейся и единой церкви. Основным принципом опять провозглашалось жесткое отграничение от социалистических и коммунистических направлений, что служило подчеркиванию антагонизма. Атеизм папа вновь охарактеризовал как самое вредоносное явление нашей эпохи, из которого проистекают и другие беды. Таким образом, заявленная в энциклике позиция на практике говорила не в пользу диалога, а против него. Но «Ecclesiam suam» обращалась и к собору, открыв «зеленую улицу» последователям среднего пути.