Более смело Павел VI повел себя в области реформ церковного управления. Прежде всего он реформировал процедуру выборов папы и кардинальскую коллегию. Уже декрет собора от 28 октября 1965 года («Christus Dominus») определил предельный возраст для нахождения на должности епископа в 75 лет. Исходя из этого, Павел VI в своем апостольском послании от 6 августа 1966 года («Ecclesiae sanctae») призвал всех епископов по достижении 75-летнего возраста добровольно и без принуждения уходить в отставку. Эту позицию — с некоторыми изменениями — он распространил в своем послании от 21 ноября 1970 года («Ingravescentem aetatem») и на кардиналов: достигшие 80 лет кардиналы лишались им права участвовать в выборах папы и исключались из конклава. Тем самым была буквально отброшена древняя традиция, что вызвало большое возмущение среди тех, кого это касалось. В октябре 1975 года в булле «Romano pontifici eligendo» Павел VI вновь скорректировал систему выборов папы. Число кардиналов, участвующих в выборах, было ограничено этой буллой до 120 человек. В остальном корректировка лишь подтвердила уже известные изменения.
При Павле VI коллегия кардиналов стала подлинно интернациональной. Через два-три года он назначил новых кардиналов. Их количество к 1973 году уже возросло до 145 человек; папа и этим путем хотел усилить коллегиальность управления. Итальянские кардиналы потеряли в коллегии абсолютное большинство. Из 145 кардиналов в результате распоряжения папы на возможном конклаве 28 уже отсеивалось. Среди исключенных оказался и большой враг папы — кардинал Оттавиани. Очень обижен в связи с исключением был и кардинал-декан Тиссеран. Часто болевший Павел VI, особенно к концу своей жизни, тоже неоднократно обращался к мысли об отставке. Однако его окружение, ссылаясь на интересы церковной политики, неизменно отговаривало его от этого.
Другим важным форумом коллегиального управления стал постоянный епископский синод. Во главе синода стоял Совет Генерального секретаря. На проводившихся периодически заседаниях синода обсуждались в духе собора насущные проблемы католической церкви. По существу, этот форум — тоже одно из средств истолкования и применения решений собора. Его постановления утверждались папой, а за их выполнение отвечал епископский корпус соответствующих стран (с 1971 года они проводятся раз в три года).
Реформа курии снова стала актуальной и во время II Ватиканского собора, и после него. Иоанн XXIII и Павел VI начиная с 1960 года осуществили ряд мер, подготовивших всеохватывающую реформу. Павел VI уже во время собора начал реформу с того, что сократил, уменьшил штат папского двора. Реформа папского двора нашла окончательное выражение в подписанном Павлом VI в 1968 году документе «Pontificalis domus». Была распущена ватиканская гвардия; сохранены были лишь швейцарские гвардейцы в память того, что во время разграбления Рима («Sacco di Roma») воины швейцарской гвардии сражались до последнего, защищая папу. Ватиканская полиция была переодета в гражданскую форму. Былая помпезность, напоминавшая о средневековье и столь почитавшаяся папой Пием XII, была «оскромнена» в духе модернизации и экуменизма. Павел VI отказался от помпезности, но не от папского суверенитета; папская власть вынуждена была отказаться от внешних форм, напоминавших о мировом господстве.