Геласий I, опираясь на положения трактата Святого Августина «О граде Божием», четко отделил и разграничил сферы церковной и светской власти. Теория о двух властях, нашедшая широкий отклик в средние века, восходит через Геласия I к Августину. Геласий I так сформулировал в своем письме императору Анастасию (491–518) принцип дуализма светской и церковной власти: «Славный император, существует два таких учреждения, которые в первую очередь управляют этим миром: первое — освященный авторитет высших иерархов, а другое — королевская власть. Бремя, которое несут священники, тяжелое, поскольку им приходится давать отчет перед судом Бога также и за деяния королей, властвующих над людьми». В религиозных вопросах император подчиняется верховному иерарху, а в мирских делах клир подчинен императору. Христос, истинный rex et pontifex[16], разделил власть между королями и епископами. Следовательно, и те и другие участвуют во власти Христовой, которая в равной степени включает в себя и светскую и духовную.
Сформулированный во времена Льва I скорее лишь теологически дуализм последовательно реализовывался папой Геласием I и в церковной политике. Его точка зрения о разделении двух властей и о взаимоотношениях между ними была общепринятой вплоть до XI века.
Во времена Геласия I папство уже рассматривало себя источником любого права и стержнем истинного учения. Решения соборов обязывали папу быть верным догматам как гаранта и охранителя их, но с точки зрения юрисдикции он уже пользуется полной свободой (primatus jurisdictionis). Геласий I поднял этот принцип на такую высоту, что папа мог вершить суд над каждой церковью, но в отношении его никто не был вправе этого делать. Через несколько лет после этого в связи с судебным процессом над папой Симмахом (498–514) мы уже встречаем окончательную формулу: «papa a nemine iudicatur» («над папой никто не вправе вершить суд»). По сути дела, при Геласии I завершилось формирование принципа о примате папы, теперь оставалось реализовать его на деле.
В начале VI столетия увидел свет первый индекс папы, также связанный с именем Геласия I (автором индекса был уже не он). Это был список книг древней (языческой) литературы, которые можно или нельзя было читать христианам. (Deere turn Gelasianum de libris recipiendis et non recipiendis.
После Геласия папский престол снова занимают незначительные личности. Даже сам папа Анастасий II (496–498) попал под подозрение в еретичестве. После него борьбу между собой с переменным успехом вели папы и антипапы: в Риме одерживала верх то партия сторонников Византии, то проготская партия. В результате таких неурядиц на Римском синоде епископов в 499 году было принято решение о первом церковном упорядочении выборов папы. Было высказано мнение, что для избрания папы необходимо большинство голосов, и одновременно сделана попытка ограничить влияние избирателей-мирян. После того как при папе Гормизде (514–523) было достигнуто церковное единство с Востоком, папа Иоанн I (523–526) поехал в Византию и там короновал императора Юстиниана I (это был первый случай в истории, когда коронование совершил папа). Однако коронование императора не повысило авторитет папы. Теодорих и его преемники считали пап служащими империи и то и дело включали их в состав посольств, направляемых в Византию.