Время правления Бонифация II (530–532), гота по происхождению, было отмечено введением в действие существующего и ныне летосчисления. В основу его легли расчеты нижнедунайского монаха Дионисия Малого. Начали считать не от года начала преследования Диоклетианом христиан, а от года рождения Христа. Это летосчисление было установлено на 784 году после основания Рима. Однако папы свои письма, постановления датировали годом правления византийского императора.
Со времени выборов папы Иоанна II (533–535) до нас впервые доходят сведения о симонии, преследовавшейся более поздними церковными реформаторскими движениями. Под понятием симонии история церкви понимает торговлю духовными ценностями, более точно — покупку и продажу различных церковных должностей, постов за деньги. (Согласно Библии, чародей Симон из Самарии предлагал деньги Святому Петру и Святому Иоанну за то, чтобы они разделили с ним их чудодейственную власть. Отсюда и название — «симония».) Кандидат в папы Меркурий, используя церковные богатства, с успехом подкупил выборщиков, чтобы получить большинство голосов. Именно поэтому в 533 году римский сенат запретил симоническое вмешательство в выборы пап, а нарушителей подверг тяжелым наказаниям. Меркурий после его избрания на папский престол впервые в истории папства сменил свое имя, назвавшись Иоанном, ибо имя языческого бога было не очень совместимо с его новыми функциями. Вообще же изменение имени при вступлении на папский престол стало обычным явлением лишь в позднее средневековье.
Правивший в 524–565 годах император Юстиниан I стремился восстановить единство империи и с этой целью осуществил полный цезарепапизм. Его полководец Велизарий в конце 536 года занял Рим. Почти 20 лет длившаяся готская война привела к уничтожению правления остготов в Италии и к реставрации византийской монархии. Но если при готском короле Теодорихе папы пользовались относительной свободой, то абсолютная имперская власть полностью подчинила их. Юстиниан в многогранном церковном законодательстве отрегулировал положение церкви. В 544 году он выступил против еретиков. А в своем дополнительном законе от 18 марта 545 года он вновь подтвердил решения первых четырех вселенских соборов. Этот же закон провозгласил, что «папа более старшего Рима является самым первым среди всех священнослужителей, а святейший епископ Нового Рима, то есть Константинополя, занимает второе место после апостольского престола старшего Рима, но в то же время впереди престолов всех остальных иерархов». Однако наряду с укреплением почетного первенства римских пап Юстиниан своей реставрационной политикой достиг того, что папа вновь оказался не более чем в роли патриарха Запада в одной из частей имперской церкви. Имперская верховная власть признавала верховенство папы, реализуемое лишь в догматах внутри имперской церкви, но не в управлении церковью.