Уничтожить вампиров, возглавивших войну, обычными методами не удалось, и была проведена совместная армейская операция Святой Инквизиции и Службы, с привлечением воинских формирований Австрии и Российской Империи. После года упорной борьбы девятнадцать руководителей Ковена были отловлены и уничтожены. Исключением стал балканский вампир Александр Петрович, более известный под именем Шандор Петефи. Захваченный одним из подразделений Службы, он был отвезен в Нерчинский исследовательский центр (в дальнейшем был переведен в исследовательский отдел Соловецкой обители, а после — в исследовательские лаборатории Объекта), где и изучался в течение последующих ста тридцати шести лет.
Значительные успехи Службы привели к усилению агрессии нечисти против России вообще. Первый и единственный раз в истории было зафиксировано одновременное появление двух охотников на охотников, усилиями которых была вызвана тяжелая и кровопролитная война Российской Империи против Англо-Франко-Итало-Турецкого союза. В тяжелых условиях военного времени Служба была вынуждена отправить часть своих сил на борьбу с обычным врагом. К этому периоду относится серьезное охлаждение отношений с Папской Курией, так как, хотя официально Ватикан был против этой войны, неофициально он поддерживал коалицию. Внезапная смерть императора Николая I, последовавшая в результате заражения нечеловеческой сущностью, явилась прямым следствием этого охлаждения. В нарушение существовавших ранее договоренностей Священная Инквизиция не предупредила Службу о выезде в Россию нескольких фейри,[75] предположительно — глейстиг,[76] которых придворный лейб-медик Мандт пригласил, рассчитывая укрепить с их помощью пошатнувшееся здоровье императора. Стоит отметить, что через три года Мандт был выслежен и захвачен сотрудниками Службы и, после выяснения всех обстоятельств, осужден судом Службы и казнен.
После гибели императора Николая I для Службы наступили тяжелые времена. В ее рядах оказалось довольно большое число людей, недостаточно подготовленных, а то и вовсе — случайных. Это привело к ослаблению позиций Службы как внутри страны, так и на международной арене. Встал даже вопрос о существовании самой Службы, когда внедрившийся в состав правительства айс[77] Лорис-Меликов[78] предложил упразднить III Отделение в полном составе, включая Секретный департамент. Айс благополучно избежал покушения, отведя глаза стрелявшему в него Молодецкому, в результате чего последний промахнулся всеми шестью зарядами револьвера, находясь от нечисти всего в четырех шагах.