Военным трибуналом Шернеру было предъявлено обвинение, что его войска на территории Советской Эстонии, Латвии, Украины, Молдавии и Крыма истребили большое число мирных граждан. Только в Эстонии немецко-фашистские захватчики, в том числе войска Шернера, расстреляли, повесили и замучили около 30 000 советских граждан, сожгли и разрушили 9200 домов, отобрали у крестьян и вывезли в Германию 107 000 лошадей. В Риге гитлеровские палачи уничтожили более 170 000 жителей. Очевидцы рассказывали, что в августе 1944 года в Дрейлинский лес под Ригой ежедневно прибывало по 150–180 автомашин с обреченными. Для ускорения «акции» профессиональные убийцы устроили своеобразный «конвейер»: первая группа гитлеровцев сбрасывала жертвы с машин на землю, вторая оглушала их ударами дубинок по голове, третья раздевала, четвертая стаскивала к костру, а пятая пристреливала и сжигала.
На суде Шернер вынужден был признаться: «Я неоднократно знакомился с актами чрезвычайных государственных комиссий и признаю эти документы. Я изучал военную историю и считаю, что злодеяния немецких войск были самыми большими в истории войн и самыми страшными в истории человечества».
Когда войска Красной Армии теснили врага, освобождая Северный Кавказ, в 1943 году Клейст отдал приказ Об «экономическом очищении» Кубани, которым предусматривался вывоз всех продовольственных запасов, Скота, промышленных материалов и оборудования. Все ТО, что нельзя было вывезти, подлежало разрушению и уничтожению.
Только в Краснодарском крае в период оккупации было истреблено более 61 000 граждан, уничтожено около 64 000 промышленных и хозяйственных зданий и сооружений, изъято у колхозов и отдельных граждан более пяти миллионов центнеров зерна и муки, более 300 000 голов крупного рогатого скота, столько же свиней и лошадей. Было уничтожено около миллиона гектаров посевов, взорвано и разрушено 1334 школы, 368 театров и клубов, 377 лечебных учреждений.
Но, оказывается, ни Шернер, ни Клейст, ни их «честные солдаты» в этом не повинны. Все злодеяния творили войска СС и полиция.
Клейст по этому поводу на процессе заявил: «Я признаю свою вину только в том, что подчиненные мне войска при отступлении с территории Кавказа и Краснодарского края разрушили и подорвали все мосты, в том числе и железнодорожные, все железнодорожные вокзалы и пути, металлургические заводы. Всем войскам моей армейской группировки «А» были даны указания при отступлении уничтожать все, что может быть использовано войсками Советской армии в войне против нас».
Клейст и Шернер на суде придерживались двух линий защиты: во-первых, все злодеяния чинили СС, СД и гестапо, во-вторых, то, что было сделано войсками, вызывалось военной необходимостью. Но для наших юристов эти доводы были неубедительными. Ведь план нацистов уничтожить 30 миллионов славян не по силе был только карательным службам. Для «ускорения процесса утилизации унтерменшей» эта задача возлагалась и на вермахт.