Спустя час после того, как Фоли передал ей документы, Коплон села на поезд в Нью-Йорк. Вместе с ней в поезде ехали агенты ФБР. Она опять встретилась с Губичевым, но на этот раз агенты ФБР к ним приблизились. Они были арестованы и доставлены в штаб-квартиру ФБР. Губичев ничего не сказал, и при нем не было обнаружено никаких обличающих документов. У Коплон же в сумочке обнаружили сверток, содержащий копии 34 совершенно секретных документов из Министерства юстиции, в том числе оригинал письма Гувера помощнику генерального прокурора. Коплон была обвинена в шпионаже и государственной измене.
Заявление Губичева о том, что он обладает дипломатической неприкосновенностью, оказалось безуспешным, поскольку, хоть он и въехал в страну как член советской делегации ООН, он впоследствии стал служащим секретариата этой организации, и перемещение по службе повлекло за собой утрату неприкосновенности. Он получил единовременное выходное пособие от ООН в размере 2000 долларов и в 1950 г. вместе с Коплон предстал перед судом.
Джудит Коплон судили в первый раз в июле 1949 г. в Вашингтоне. На суде она заявила, что все это ошибка, что она — верный и лояльный правительственный служащий, что она не шпион и не коммунист, а просто пала жертвой ошибочной любви к интригану Губичеву. Она рассказала суду, что познакомилась с ним в Музее современного искусства в Нью-Йорке в 1948 г. (на самом деле она познакомилась с ним в 1946 г., когда он прибыл в Нью-Йорк в качестве ее оператора).
Относительно того, что при ней были обнаружены секретные документы, Коплон заявила, что ее прежний начальник, Фоли, попросил ее проанализировать письмо Гувера и что у нее так много работы, что она вынуждена брать с собой документы на выходные, чтобы работать с ними дома. Присяжные совещались двадцать шесть часов и вынесли вердикт «виновна». Судья Альберт Ривз приговорил ее к 10 годам тюрьмы.
Затем вместе со своим адвокатом Арчи Палмером она отправилась в Нью-Йорк, где предстоял еще один суд — над ней и Губичевым. Этот суд был несколько иным.
Суд выслушал показания 77 агентов ФБР. Агент Т. Скотт Миллер показал, что ему ничего не известно о прослушивании телефонных разговоров Коплон и ее адвоката. Позднее он сообщил, что лично видел и уничтожал записи телефонных переговоров. Агент Роберт Вирт также признал, что уничтожал эти записи. Несмотря на это, за кражу правительственных документов и покушение на кражу документов, относящихся к национальной обороне, она была признана виновной, так же как и Губичев. Коплон была приговорена к 15 годам тюремного заключения. Губичев был депортирован по соглашению, достигнутому через Госдепартамент.