Николай Григорьевич непосредственно участвовал в агентурной работе, занимался вербовкой и засылкой агентуры и советских разведчиков в страны фашистского блока и в сопредельные с ним государства.
В роковые тридцатые годы армия подверглась террору, не обошел он и разведку — были отозваны из-за рубежа, арестованы, а затем расстреляны практически все нелегальные и работавшие под прикрытием руководители резидентур Разведупра Красной Армии. Они, по утверждению НКВД, якобы были перевербованы разведками и контрразведками капиталистических государств. Берзин и заменивший его в 1935 году на посту начальника Разведуправления комкор Урицкий уделяли большое внимание подбору и подготовке молодых, перспективных разведчиков, умелому использованию на руководящей работе за рубежом и в Центре лиц, получивших опыт на нелегальной работе. Среди них были Вартанян, Бекренев, Бронин, Никольский, Рогов, Капалкин, Леонтьев, Мильштейн, Звонарева, Полякова и другие.
С июля по ноябрь 1937 года Николай Григорьевич работал под непосредственным руководством вернувшегося из Испании начальника Разведупра Красной Армии Я. К. Берзина по восстановлению агентурной сети и созданию нелегальных резидентур «глубокого залегания» (на военное время). Именно в то время были задействованы Треппер, Радо, Кент, фон Шелия, Эльза и другие.
Николай Ляхтеров впервые встретился с Яном Берзиным в 1933 году на специальном факультете Академии имени Фрунзе (Берзин приехал для проведения беседы со слушателями нового набора).
Помню, Николай Григорьевич рассказывал: «Встретил его начальник нашего факультета комдив Куцнер. Провел в президиум и представил нам. Честно говоря, не верилось, что перед нами сидел легендарный герой борьбы с царизмом, бесстрашный боец Гражданской войны и умелый организатор военно-стратегической разведки. Все мы увидели перед собой высокого (свыше двух метров), стройного, седовласого, с живыми сине-голубыми глазами человека, который в течение полутора часов глубоко и доказательно изложил основные резкие изменения в международной обстановке в связи с приходом к власти в Германии Гитлера и нацистской партии и вытекающие из этого новые задачи стратегической разведки и спецфакультета Академии имени Фрунзе…»
Во время Гражданской войны Ян Карлович Берзин командовал отрядом ЧК. В 1919 году входил в состав правительства Латвии. С 1921 по 1935 год был начальником Разведывательного управления Генштаба Красной Армии. В 1935 по 1936 год — заместителем командую щего ОКДА (Особой Краснознаменной Дальневосточной армии). 27 августа 1936 года он возглавил советскую военную миссию в Испании, в которую входили также генералы Горев, Малиновский, Кулик, Штерн, Павлов, Сверчевский и др.