Ян Карлович имел природный острый аналитический ум, был хорошим психологом. У него был большой опыт нелегальной работы в условиях царского режима и Гражданской войны. Он был весьма требовательным руководителем, но никогда не рубил сплеча. Берзин лично принимал участие в вербовке ценных агентов, таких, как Зорге, Радо, Треппер, Шелия и др. Он решительно отстаивал перед Политбюро ЦК и лично Сталиным подчиненных ему разведчиков, обвиняемых в антиправительственных действиях. Всех их он хорошо знал, знал их сильные и слабые стороны, их ошибки, допускавшиеся в aгентурной или информационной работе.
Н. Г. Ляхтеров вспоминает такой случай: «Летом 1938 года было получено очень важное сообщение от нашего крупного агента фон Шелия о предстоящей встрече польского министра иностранных дел с руководителями фашистского рейха и возможном заключении договора о ненападении и совместной борьбе против Советского Союза. Эта информация немедленно была расшифрована, отпечатана и направлена Ворошилову, его заместителям и начальнику Генерального штаба».
Ляхтеров проверил это сообщение и установил, что машинистка допустила опечатку в одном слове. Было напечатано «посетил», а нужно было написать «посетит». Одна неправильная буква меняла смысл всего донесения. Машинистка сделала исправления в пяти экземплярах, а в шестом, который оставался в документах отдела, стерла букву «л» и опять напечатала «л».
Ворошилов, прочтя донесение, наложил резолюцию: «Срочно тов. Сталину, тов. Молотову. Машинистка отпечатала два экземпляра и опять напечатала «посетил». В это время Ляхтерову пришлось срочно уехать в Коминтерн, а начальник отдела полковник Струнин, не зная об этой злосчастной ошибке, проверил донесение, напечатанное по шестому экземпляру, и отправил его адресатам.
Через два часа Сталин позвонил Берзину и спросил: «В чем дело? Получил от вас важное сообщение. На первой странице говорится «посетил», а на четвертой «посетит». Если «посетит», мы можем принять меры воспрепятствовать этой встрече. Разберитесь и доложите».
Берзин вызвал начальника отдела и Ляхтерова, отчитал их в строгой, но тактичной форме, наложил на них взыскание: «Строгий выговор в приказе по РУ» — и еще раз напомнил им, как важно тщательно проверять всю информацию и документы, получаемые от агентуры, легальных источников, радиоперехватов и т. д.
Докладывая Сталину итоги расследования этого инцидента с буквой «т», он взял на себя всю вину за происшедший недостаток в работе информационных органов Разведывательного управления Генерального штаба.