С 28 июня начались вооруженные столкновения между отрядами исламистов и силами кулябцев, приобретавшие все более систематический, кровопролитный и криминализованный характер. 1 июля из-за обострения ситуации на юге правительство приняло постановление об охране особо важных объектов в республике Это постановление было согласовано с Министерством обороны России. Частям 201-й мед была поручена охрана Нурекской ГЭС, Яванского электромеханического комбината, Вахшского азотно-тукового завода, ряда объектов военного назначения, а также нескольких участков автодорог на горных перевалах вдоль границы Кулябской и Курган-Тюбинской областей.
В начале июля лидеры политических партий, народных движений и духовенства выступили с обращением в адрес участников Хельсинкского совещания в защиту находившегося в заключении мэра Душанбе М. Икро-мова, что явилось свидетельством дальнейшего роста противоречий между Центром и Ходжентом, так как М. Икромов содержался именно там.
На южной границе начались регулярные и все более масштабные попытки перехода таджико-афганской границы с целью приобретения оружия. Обратно с таджиками возвращались и афганские инструкторы.
О масштабах этой деятельности свидетельствует тот факт, что за период с мая 1992 до начала 1993 года пограничниками было задержано свыше 1000 нарушителей, в том числе и афганцев, у которых было изъято около 500 единиц стрелкового оружия. По самым скромным подсчетам, на территории республики летом и осенью 1992 года действовали 500–600 афганских моджахедов.
Правительственная делегация Таджикистана во главе с министром иностранных дел X. Халикназаровым договорилась в ходе переговоров с руководителями Афганистана Б. Раббани и А. Шах Масудом о стабилизации афгано-таджикской границы, однако это никак не отразилось на пограничной ситуации. В Таджикистане была создана «Ассоциация женщин с высшим образованием», которая планировала вести борьбу с мусульманским фундаментализмом и ущемлением женских прав. Ассоциация объединила женщин независимо от 72 расы, национальности, религиозных, политических взглядов, происхождения и возраста.
26—27 июля в г. Хороге, центре Горно-Бадахшанской автономной области, состоялась встреча представителей официальных властей, партий, политических движений. В ней приняли участие представители Кулябской, Курган-Тюбинской областей, Гармского района, а также Исламской партии возрождения, Демократической партии (Ш. Юсуф), движения «Растохез» (Т. Аб-дуджаббор). От руководства республики участвовал исполняющий обязанности председателя Верховного Совета А. Искандаров. На встрече были выработаны условия перемирия между противоборствующими сторонами.