В соответствии с ними 28 июля с 10 часов объявлялось прекращение огня на всей территории Таджикистана. Предусматривалось освобождение заложников, снятие вооруженных постов с шоссейных дорог и освобождение занятых зданий и объектов, расформирование вооруженных групп, сдача оружия и т. п. Соглашение вступило в силу 27-го, однако его выполнение сразу вызвало серьезные сомнения. Непосредственно после подписания военный лидер кулябцев С. Сафаров заявил, что до того, как незаконное, по его мнению, правительство уйдет в отставку, его люди оружия не сдадут. Аналогично поступил и Ш. Юсуф, указавший на то, что все иностранные вооруженные формирования, включая и пограничные войска, должны немедленно покинуть территорию республики.
В тот же день, 27 июля, возобновились боевые действия в Куйбышевском районе Курган-Тюбинской области. В печати была развернута кампания с целью дискредитации частей 201-й мед, выступавших в качестве разъединительных сил. По сведениям Кулябского облисполкома, число беженцев в результате столкновений в июне — июле составило 132 тысячи человек. Несмотря на утверждения правительства о возвращении узбекского населения в места проживания, поток автомашин с беженцами из южных районов Таджикистана не иссякал.
В течение 9—11 августа Президиум Верховного Совета Таджикистана попытался собрать парламентариев на сессию, где среди прочего предполагалось принять закон, ограничивающий власть президента Набиева. Сессию удалось открыть лишь днем 11 августа, а уже 12-го депутат Дустиев предложил устранить институт президента в республике.
24 августа исламскими боевиками Р. Нуруллобековым и Д. Махмудовым был убит генеральный прокурор Таджикистана Нурулла Хувайдуллоев. Убийство вызвало бурную реакцию общественности. В кишлаке Пангаз Аштского района Ленинабадской области, на родине погибшего прокурора, и в г. Кулябе прошли массовые митинги, на которых резко осуждалось правительство национального примирения. В Пангазе были закрыты практически все мечети, сожжено мусульманское имущество и прекращена деятельность духовенства.
Криминализация ситуации нарастала и в Душанбе. Около 15 часов 31 августа группа молодых людей из организации «Молодежь города Душанбе» вместе с беженцами из Курган-Тюбинской и Кулябской областей блокировала выходы из президентского дворца и потребовала встречи с президентом. Последний, предупрежденный КНБ, успел укрыться в расположении 201-й мсд. Не найдя президента, захватившие резиденцию стали брать заложников. К вечеру 1 сентября в резиденции находились 32 заложника из числа выходцев из Ленинабадской и Кулябской областей. Прозвучали требования известить народ об отставке президента.