Сессия Ленинабадского облсовета осудила находившегося в Ходженте Набиева, который в отношениях с Россией продолжал вести себя как президент. Это послужило своеобразным шагом для сближения позиций официальных органов (правительства и парламента) и привело к попытке Ходжента договориться с Душанбе, а также открыло пути выдвижения на высокие должности ходжентцев. Последовал указ исполняющего обязанности главы государства, председателя Верховного Совета А. Искандарова о назначении и.о. премьер-министра Абдумалика Абдуллоджанова.
25 сентября было совершено нападение исламистов на поселок Ломоносова, где сосредоточились большие группы беженцев Исламисты проникли в населенный пункт и, оттеснив офицеров 191-го мсп, устроили резню.
27 сентября Курган-Тюбе был захвачен кулябцами под командованием Л. Лангариева. В Душанбе продолжался уголовный беспредел, грабились склады, угонялись автомобили. Власти оказались не в состоянии контролировать ситуацию. К октябрю 1992 года потери с обеих сторон составили 15–20 тысяч убитыми и несколько десятков тысяч ранеными (преимущественно мирных жителей), сотни тысяч жителей стали беженцами С юга уехало практически все население — выходцы и переселенцы 1920—1960-х годов из Узбекистана и Северного Таджикистана. Из республики выехали около 90 тысяч так называемых русскоязычных жителей. Промышленность была практически парализована, а сельское хозяйство разрушено.
Эти события имели следствием ряд существенных изменений в социально-психологической обстановке. «Демократы» и «Растохез», блокировавшиеся с Исламской партией, потеряли свой авторитет в народе и практически распались. Был дискредитирован и Тураджонзода, на которого общественное мнение возложило всю ответственность за события Казият (Таджикистанское отделение. Среднеазиатского духовного управления мусульман) лишился значительной части приверженцев, деятельность духовенства в ряде мест фактически прекратилась. Национальное самосознание отошло на второй план, будучи вытеснено региональным самосознанием. Существенно сплотились памирские народности.
В этой обстановке высшие эшелоны государственной власти организовали и провели в Ходженте так называемую примирительную сессию Верховного Совета Таджикистана, предлогом для созыва которой стали и требования прекращения кровопролития, и предложение о формировании нового правительства. На деле эта передышка была использована договорившимися, между собой ходжентскими и кулябскими кланами для формирования и вооружения (с помощью Узбекистана, России и частично Киргизии) сил так называемого «Народного фронта», основной боевой контингент которого составили узбеки, как таджикистанские, так и из соседней республики, а также таджики-кулябцы. Выбранный на сессии состав правительства отразил и новую расстановку сил, и тот факт, что к власти пришли мафиозные структуры.