6 ноября в Таджикистане прошли выборы президента республики. Как и ожидалось, президентом был избран Э. Рахмонов. В течение последующих недель, вплоть До начала 1995 года, продолжались отдельные стычки и операции в приграничной полосе юга Таджикистана, а также в Бадахшане, причем противоборствующие стороны последовательно обвиняли друг друга в нарушении подписанных договоренностей о прекращении огня. При этом оппозиция возлагала особую вину на российские погранвойска.
В ответ на эти обвинения заместитель начальника Главного штаба погранвойск России генерал-майор А. Баранов заявил: «Такого рода утверждения беспочвенны… Мы уже говорили и вновь обращаем внимание на то, что практически с первых дней вступления в силу Соглашения оппозиция нарушала и продолжает нарушать достигнутые договоренности. Имеют место факты обстрелов пограничных застав, нарядов российских, казахских и киргизских пограничных войск из различных видов оружия. Минуя пункты пропуска, вооруженные группы неоднократно предпринимали попытки прорыва через таджикско-афганскую границу как с одной, так и с другой стороны, применяя при этом оружие. Обстановка в регионе продолжает оставаться напряженной и в настоящее время, по полученным данным, вооруженные группы Движения исламского возрождения Таджикистана, находящиеся на территории Горного Бадахшана, готовы к вооруженным акциям против российских пограничников. Только в районе Калаихумбского отряда на территории Афганистана сосредоточено до 400 боевиков».
Начало 1995 года показало, что ни экономическая и политическая ситуация в самом Таджикистане, ни ситуация на таджикско-афганской границе не претерпели каких-либо существенных изменений к лучшему.
Лишь наличие достаточно мощной группировки российских войск позволяло удерживать ситуацию. Война продолжалась.
В 1995 году военно-политическая обстановка в Таджикистане не претерпела существенных изменений. В течение всего года продолжались попытки проникновения на территорию республики из Афганистана отдельных групп боевиков или более крупных отрядов, обстрелы застав и пограничных постов с сопредельной территории и т. д.
В 1994–1995 годах на таджикско-афганской границе было задержано 799 нарушителей, предотвращено 582 попытки прорыва боевиков, которые 260 раз перерастали в боевые столкновения Около 700 раз российские пограничники подвергались обстрелам Были предотвращены попытки контрабанды значительного количества вооружений, в том числе 127 орудий и минометов, 100 гранатометов, 290 единиц стрелкового оружия, боеприпасы и т. д.