Однако дважды в течение года военная обстановка существенно осложнялась и боевые действия приобретали широкомасштабный характер. Так, в начале апреля существенно обострилась обстановка в Бадахшане Это было вызвано тем, что еще в октябре 1994 года Душанбе в нарушение соглашения о временном прекращении огня ввел в Калаихумбский район батальон правительственных войск. Этот батальон решил навести порядок в селе Дашти-Язгулем, в зоне, контролируемой силами самообороны Бадахшана. Отряд самообороны под командованием полевого командира Зайниддина отбил наступление и предпринял контратаку, в результате которой батальон с большими потерями отошел к селу Хихик. В этих боях погибли 24 таджикских и казахских военнослужащих.
В середине октября существенно обострилась обстановка в Тавильдаринском районе в результате начавшихся широкомасштабных действий правительственных сил. 22 октября правительственные войска предприняли попытку силой отбить в Тавильдаре 57 военнослужащих, взятых в плен оппозицией 14 октября. В этих боях участвовало свыше 500 солдат, 10 единиц бронетехники, которых поддерживала авиация, бомбившая несколько селений. Правительственным силам противостояли около полутора тысяч боевиков. 9 ноября в Тавильдару был сброшен десант из 50 человек, который был почти полностью уничтожен. 8 и 9 ноября военная авиация бомбила расположения отрядов оппозиции в Гармском районе, а 10 ноября около 100 солдат и офицеров сдались в плен командиру одного из оппозиционных отрядов М. Низомову.
21 ноября правительственные силы вновь предприняли наступление на Тавильдару. В нем участвовали около 500 солдат и офицеров, а также 21 танк и другая бронетехника.
Военно-политическую обстановку в Таджикистане существенно осложнили все обостряющиеся противоречия внутри правящей коалиции. Эти противоречия вылились в вооруженные столкновения между бывшими «народофронтовцами», начавшиеся в начале сентября в Хотлонской области. Кульминацией этих событий стали бои 17 сентября между 1-й и 11-й бригадами Минобороны Таджикистана, сформированными в 1993 году на базе отрядов «Народного фронта».
1-й бригаде при поддержке танков и артиллерии удалось ворваться на территорию военного городка 11-й бригады, после чего командир последней У. Мурчаев бежал в один из окрестных кишлаков. Власти Таджикистана были вынуждены принять решение о расформировании обеих бригад и создании на их базе одной.
Крайне сложной продолжала оставаться криминогенная обстановка, в том числе и связанная с наркотиками За 1995 год российскими пограничниками было обнаружено и изъято при досмотрах свыше 2 тонн наркотического сырья, 70 % которого составлял опий-сырец. В 1995 году пограничниками было уничтожено 1700 кг наркотиков. В процессе проведения крупномасштабных операций в начале 1996 года в зоне Хорогского погранотряда было изъято 250 кг наркотиков, а Каланхумбского погранотряда — 40 кг опия-сырца. Всего же за 1995 — первую половину 1996 года изъято и уничтожено 4,5 тонны наркотических веществ