В начале сентября 2004 года возобновилось прерванное в 1992 году железнодорожное движение по маршруту Сухуми — Москва. Для восстановления дороги в Абхазию из Ростова-на-Дону была доставлена специальная техника, в том числе три вагона шпал. Было восстановлено 105 км железнодорожного полотна, более 10 км тоннелей.
В конце сентября 2004 года было установлено регулярное автобусное сообщение между Сочи и Сухуми. При этом российско-грузинская граница на Военно-Грузинской дороге была, наоборот, на некоторое время закрыта после теракта в Беслане.
Приход к власти М. Саакашвили в 2004 году означал нарастание напряженности. Саакашвили не скрывал своих авантюристических замыслов и постоянно подчеркивал, что регион «находится под контролем российских генералов и открыт для другой незаконной деятельности».
Надо отметить, что единственным районом Абхазии, который контролировала Грузия (до августа 2008 года), являлось Кодорское ущелье. Это ущелье составляет треть территории Абхазии. Во время грузино-абхазского конфликта 1992–1993 годов здесь были сформированы отряды сванского ополчения, воевавшие на стороне Грузии против абхазов. Наиболее влиятельным полевым командиром был Эмзар Квициани, возглавлявший отряд «Монадире». Во многом благодаря ему абхазы не смогли установить контроль над территорией ущелья.
По условиям мирных соглашений, подписанных в 1993 году, территория Кодорского ущелья, представлявшая собой удобный плацдарм для нападения на Абхазию, находилась под постоянным контролем миротворческих сил и миссии ООН по наблюдению в Грузии.
Местные полевые командиры признали юрисдикцию грузинского правительства лишь формально Фактически же Кодорское ущелье превратилось в неконтролируемую территорию Отряд «Монадире», охранявший линию разделения Грузии и Абхазии, с 1998 года считался батальоном вооруженных сил Грузии, но фактически подчинялся лично Квициани. С именем Квициани связывали периодические похищения в Кодорском ущелье сотрудников миссии ООН и высокопоставленных грузинских чиновников, происходившие в 1996–1999 годах, пока Квициани не был назначен уполномоченным грузинского президента в этом регионе.
В 2001 году через территорию Кодорского ущелья при содействии Квициани была предпринята неудавшаяся попытка вторжения в Абхазию отряда чеченских боевиков под руководством Руслана Гелаева. Позднее местные жители-сваны заключили соглашение с абхазами о ненападении и недопущении в зону верхней части Код ори вооруженных формирований, а за это сваны получали содействие абхазских властей в экономической и социальной сфере.