Дагомысские соглашения предусматривали прекращение огня и создание органа для урегулирования конфликта — Смешанной контрольной комиссии, в которую вошли грузинская и югоосетинская стороны, Россия и, в качестве отдельной стороны, Северная Осетия. Несмотря на заявления президента Саакашвили предоставить Южной Осетии широкую автономию, в рамках Смешанной контрольной комиссии такие предложения грузинскими представителями на рассмотрение не выносились. На протяжении работы комиссии Грузия назначала все более радикальных противников уступок Южной Осетии своими представителями в комиссии, сводя ее работу на нет. В марте 2008 года Грузия вовсе прекратила свое участие в работе комиссии.
После подписания Дагомысских соглашений Южная Осетия стала фактически самостоятельным государственным образованием. 2 ноября 1993 года была принята конституция республики.
30 октября 1995 года при посредничестве России и ОБСЕ между грузинской и осетинской сторонами начались переговоры о мирном урегулировании конфликта. 16 мая 1996 года в Москве был подписан «Меморандум о мерах по обеспечению безопасности и укреплению взаимного доверия». За подписанием этого документа последовало несколько встреч между президентом Грузии Шеварднадзе и президентом Южной Осетии Людвигом Чибировым, а также главами правительств Грузии и Южной Осетии.
Беженцы начали возвращаться в зону конфликта, однако этому процессу мешала тяжелая экономическая ситуация в регионе.
Грузия обвиняла руководство Южной Осетии в том, что в отсутствие контроля со стороны центральных властей Южная Осетия фактически превратилась в центр контрабандной торговли, лишавшей Грузию значительной части доходов Грузинские власти продолжали рассматривать Южную Осетию как свою административную единицу — Цхинвальский регион, но до прихода к власти Саакашвили активных действий по восстановлению контроля над Южной Осетией не предпринимали.
Очередное обострение ситуации произошло в начале 2004 года, после того как новое руководство Грузии объявило о курсе на восстановление территориальной целостности страны. 31 мая 2004 года в зону грузино-осетинского конфликта, где имеют право находиться только российские, грузинские и югоосетинские миротворческие силы и сотрудники местных правоохранительных органов, грузинская сторона перебросила подразделения своих внутренних войск и тяжелую военную технику. Миссия ОБСЕ в Грузии заявила, что это является «грубейшим нарушением ранее подписанных соглашений».
Со второй половины июля 2004 года на территории Южной Осетии происходили регулярные обстрелы города Цхинвала, осетинских и грузинских сел из стрелкового оружия, гаубиц и минометов. На этом фоне президент Грузии Саакашвили сделал несколько резких заявлений, обвиняя Россию в попустительстве властям Южной Осетии к Абхазии, не желающим урегулировать отношения с Грузией.