Около 2-й половины XXIX в. до н. э. I династия сменяется II династией. Первые ее цари, похоже, решили обосноваться в Мемфисе насовсем: теперь в Саккара переносится и царский некрополь, а Манефон связывал именно с Нижним Египтом религиозную деятельность основателя II династии Боетоса (егип. Баунечер, или Хетепсехемуи), якобы установившего культы быков Аписа в Мемфисе и Мневиса в Гелиополе (на юго-востоке Дельты). Эти утвердившиеся в Нижнем Египте цари продолжали отождествлять себя с богом Хором, однако к середине правления II династии (ок. сер. XXVIII в. до н. э.) Египет постигли потрясения. Царь Сехемиб («Сильный сердцем»), носивший это имя в отождествлении с Хором, меняет его на Периибсен («Удалой сердцем их»), причем это имя он принимает, отождествляя себя с мифологическим врагом Хора богом Сетом. Памятники его царствования, включая гробницу, располагаются в Абидосе, очевидно, ставшем его основной резиденцией; следовательно, этот царь владел Верхним Египтом.
На севере, в Нижнем Египте, продолжала править ветвь II династии, вероятно по-прежнему чтившая Хора, в дальнейшем признанная законной в египетской исторической традиции. Именно при ее представителе Неферхересе, или Неферкара, согласно сведениям Манефона, Нил 11 дней тек медом, т. е. боги явно благоволили его царствованию.
Таким образом, страна распалась на две части, видимо, по причине как борьбы властных амбиций внутри II династии, так и стремления обитателей Дельты Нила вернуть былую независимость. Возможно, именно в это время Нижний Египет стал восприниматься как политико-географическое единство, противостоящее Верхнему Египту (соответственно, дуальность территориальной структуры Египта, впервые намеченная еще в имени одного из царей I династии Хасти, была осмыслена в фундаментальном для египетской картины мира понятии «Обе Земли» – «тауи»).
В течение некоторого времени «цари-Хоры» и «цари-Сеты» мирились с самостоятельностью друг друга и поддерживали между собой сравнительно благожелательные отношения (некоторые предметы с Сетовыми именами царей Верхнего Египта были найдены в районе Саккара и, судя по всему, попали туда в результате торгового обмена между двумя частями страны). Восстановить единство страны военным путем решился царь Верхнего Египта, вновь принявший Хорово имя Хасехем («Воссиявший жезлом»). Запись на основании его статуи свидетельствует о войне в Нижнем Египте, в ходе которой было истреблено (или уведено в плен) 47 209 человек. Вскоре Хасехем изменил свое имя на Хасехемуи («Воссиявший обоими жезлами»), приняв его теперь в честь сразу двух богов – Хора и Сета. Хасехемуи считается последним царем II династии. После этой необычайно кровопролитной по тем временам войны за воссоединение страны Египет вступает в новый период –