В 1854-г. в Суздальскую монастырскую тюрьму были заключены "пойманные в турецких владениях" старообрядцы: архиепископ Аркадий, епископ Алимпий и священник Ф. Семенов. В 1859 году в ту же тюрьму был заключен "пойманный в Киевской губернии" старообрядческий епископ Конон. В том же году возникло дело об основании на Урале особой секты, получившей название "Десного Братства". По этому делу были заключены сначала в Екатеринбургскую тюрьму, а затем в Петропавловскую крепость: основатель секты, сотрудник журнала «Маяк», капитан артиллерии Н. С. Ильин и его последователи — чиновники горного правления, коллежский асессор Будрин, титулярный советник Протопопов, подпоручик корпуса лесничих Лалетин, а также жены Будрина и Лалетина. Будрин, больной чахоткой, не вынес заключения и умер в тюрьме. Его жена была сослана в Новгородский Свято-Духов женский монастырь. Лалетин в 1859 г — был сослан в Свияжсшй монастырь, где он и умер после десятилетнего заточения. Ильин в то же время был отправлен в Соловецкую тюрьму, в строгое одиночное заключение, в котором он пробыл до осени 1873 г. В этот год, по усиленному ходатайству дочерей Ильина облегчить его участь, он был переведен из Соловок в Суздальскую монастырскую тюрьму, которой и находился до 18 июля 1879 года.
Продолжительное заключение вызвало в нем сильное Душевное расстройство, вследствие чего он, по просьбе родственников, был освобожден из тюрьмы, но затем сослан "под строжайший надзор полиции" в местечко Поланген, Курляндской губ. В 1860 году в Соловецкую тюрьму был заключен казак Максим Рудометкин за основание им на Кавказе секты прыгунов; в 1869 году Рудометкин "с целью прекращения ему возможности вести переписку с его единомышленниками на Кавказе" был переведен из Соловок в Суздальскую монастырскую тюрьму, где он и умер в 1877 году "от апоплексического удара", как доносил о. настоятель.
В 1863 году в Суздальскую тюрьму был заключен старообрядческий епископ Геннадий, просидевший там до 1881 года. В 1865 г. в ту же тюрьму был заключен священник П. Ф. Золотницкий за уход к раскольникам — беглопоповцам; в 1866 г. в Соловецкий острог был заключен известный сектант Андриан Пушкин и т. д.
Относительно срока заключения в монастырские тюрьмы в течение 50—70-х годов необходимо признать, что он по-прежнему поражает необыкновенною продолжительностью. Так, например, только — что названные нами лица находились в заключении: казак Рудометкин — 17 лет, старообрядческий епископ Геннадий — 18 лет, капитан артиллерии Ильин — 20 лет, старообрядческий епископ Конон — 22 года, архиепископ Аркадий — 27 лет.,