Все арестанты всегда присылались под строгим секретом, при чем весьма часто причины ссылки и заточения того или другого лица указывались лишь в самых общих чертах, например, в таком роде: высылается "за противозаконные и крайне вредные по расколу действия", или же: "за пребывание в ереси и отрицание таинств исповеди и святого причащения", или: "за распространение вредных толков о вере и богопротивные деяния"; или: "за надругательство над св. иконами"; или: "за вторичное обращение из православия в раскол"; или: "за духовное преступление, в которое он (штабс-капитан Щеголяв) был вовлечен безнравственностью и невежеством" и т. д. Но и такого рода краткие характеристики делались далеко не всегда, нередко же причины заточения определялись еще более лаконически и в то же время еще более неопределенно, как, например: "за раскольничество", "за старообрядчество", за раскольническую ересь" и т. д. Наконец, в числе заключенных в монастырской тюрьме были и такие, относительно которых даже само монастырское начальство было в полной неизвестности о причинах, вызвавших их заточение.
Множество лиц ссылалось в Соловки "за отпадение от православия" и "за совращение в раскол или ересь". Чиновник 8-го класса Крестинной был заключен в Соловецкую тюрьму "за совращение себя (!), жены своей и детей в раскольническую ересь безпоповщины". С особенною же строгостью преследовалось совращение в раскол нижних воинских чинов.
Довольно часты были случаи, когда в Соловки ссылались за отказ от военной службы; такие отказы большею частью происходили по мотивам религиозного характера. Так, рекрут из крестьян Московской губернии, молоканин Иван Шурупов, 9 лет, по принятии на службу, "отказался дать присягу, несмотря на всевозможные принуждения", Свой отказ он мотивировал тем, что, по слову ожив, нужно служить одному Богу, а потому служить государю он не желает и присягу принять отказывается, опасаясь быть клятвопреступником. Император Николай Павлович на докладе о Урусове положил резолюцию об отправке его под конвоем в Соловецкий монастырь. Гвардейцы Николаев и Богданов бежали из военной службы в раскольнический скит, устроенный в лесу одним мещанином. При поимке один из гвардейцев отказался вовсе служить в военной службе, как несогласной с его убеждениями, и не хотел присягать, другой же, хотя и присягал, но с условием, чтобы ему дозволено было поведывать старообрядчество. За это военное начальство решило прогнать их сквозь строй и отдать в арестантские роты, но государь повелел заточить их в Соловецкий острог.