Искусственно принятая теория зарождения казаков не только не разрешала этого вопроса, но и вызывала теорию совершенно противоположную, утверждавшую, что казаки по происхождению ничего общего с русским народом не имеют и в прошлом принадлежали к народам, пришедшим из Азии, а впоследствии обрусели, приняли русский язык и религию. Теория эта находила сторонников среди историков и прочно держалась среди казаков.
Ген. Ригельман, собиравший материалы по истории казаков, писал, что в конце 18 и начале 19 веков донские казаки считали, что они не русские люди, а происходящие от черкесов и других горских людей, но обрусевшие, живучи в России. Кто же их «москалями» назовет, то отвечали: «Я не москаль, а русской, и то по закону и вере православной, а не по природе».
Особенностью казачьего быта было то, что с древности в основе их общественной жизни была военная организация, свойственная кочевым народам. Казаки не принадлежали к кочевым народам, но их внутренний быт слагался под большим влиянием кочевников. Живущие на далеких окраинах русских княжеств, окруженные со всех сторон воинственными ордами кочевников, они ставились в необходимость постоянной готовности к войне, защите своей земли и отражений нападений своих, алчных к легкой наживе, соседей. В составе Российской Империи казачьи войска высоко ценились, их быт и внутренняя организация всячески поддерживалась правительством.
Среди различных теорий о происхождении казаков как более достоверную можно принять ту, что казачьи поселения были образованы вне пределов России, и в условиях, от нее не зависимых.
Отношения казаков с Москвой последовательно менялись: 1) совершенно независимое; 2) несли службу по договору с московскими князьями; 3) служили по присяге; 4) вошли в состав Российского Государства как неотъемлемая ее составная часть. Во всех случаях казаки сохраняли право на занимаемые ими земли, пользование которыми гарантировалось верховной российской властью. Во внутренней жизни казаки сохраняли независимость от центральной власти: и атаман, и ближайшие его помощники выбирались общим голосованием. Все вопросы казачьей жизни решались на общих казачьих собраниях, носивших название «Войсковой Круг» у донских казаков, и «Рада» — у днепровских и затем — кубанских.
Установившийся порядок общего равноправия и деятельности общеказачьих собраний имеют различные объяснения; и большинство историков объясняют этот обычай заимствованным у новгородцев, которые в 16 веке в большом количестве влились в казачью среду. Объяснение это связывается непосредственно с теорией происхождения казаков от «беглого люда» и ничего нового не вносит. Общие народные собрания, или вече, были свойственны всем народам во времена несложного государственного устройства. Более продолжительное время эта система держалась в Новгороде и существовала в казачьем быту. С развитием внутренней жизни, с расширением границ, система общих собраний должна была отживать и принимать новые формы, более отвечающие новым условиям. Но казаки прочно держались веками сложившейся системы Войсковых Кругов и Рад, общеказачьи собрания служили для них символом их свободы и равноправия. Но система общих собраний была трудно осуществимой уже в 16 веке, — и на Войсковых Кругах донских казаков, собиравшихся в пределах нижнего течения Дона, — в «Раздорах на Дону» отсутствовали казаки «верховых» станиц, и общие вопросы решались без их участия. Общие казачьи собрания, как и собрания новгородцев, происходили часто при бурных спорах, нередко приводивших к вооруженным схваткам, что также вело к неизбежности устройства более устойчивой формы внутреннего управления.