Изменения отношений казаков с Москвой происходили под влиянием различных причин. Во-первых, казачьи поселения на Дону, Тереке и Яике были далеко отодвинутыми от московских границ в сторону кочевников, с которыми они должны были вести постоянные войны. Казаки ощущали недостаток в военных припасах, предметах питания и нуждались в моральной и вооруженной поддержке в борьбе с кочевниками. С расширением границ московских владений территории их сливались, и влияние Москвы становилось более значительным. Казаки, волей или неволей, должны были считаться с положением, делать уступки своей независимости и мириться с неизбежностью подчинению Москве.
Роль казаков в истории России была настолько значительной, что после того как на южных границах московских владений кочевники были или покорены, или исчезли и опасность нападений прекратилась, казаки и казачий внутренний быт уважительно поддерживались российским правительством, а казачьи войска, как военная сила, высоко ценились.
В истории России многие события по политическим и национальным соображениям не получили достаточного и беспристрастного освещения и обойдены наукой или просто преданы забвению. Время татарского ига, длившегося около трехсот лет, по патриотическим соображениям в историю вошло кратким эпизодом, не имевшим существенного влияния на внутренний быт и культуру русского народа. Нет сведений о внутреннем устройстве владений монголов, частью которых являлись русские княжества; организации вооруженных сил этой части, количества русского народа, ее составлявшего, и дальнейшей его участи. Отсутствие сведений о внутреннем устройстве Золотой Орды не могло дать и правильного представления о всей важной для русского народа эпохе, а вместе с тем и происхождения казачества. Отсутствие сведений или умалчивание их со стороны историков привело к ложной теории происхождения казаков, не подтверждающейся никакими хрониками.
Историки умалчивали о том, что в московских хрониках имелись сведения о существовании казаков в составе войск Золотой Орды, об участии их в составе московских войск князей–предшественников царя Ивана Грозного (время распада Золотой Орды) и о не прекращавшейся их связи с московскими князьями на протяжении всего времени вплоть до царствования Ивана Грозного, со времени которого начинается история казаков, основанная на актах Московского Государства.
Для замалчивания многих исторических событий были причины и социального характера. Русь, выходя из-под власти монголов, находилась в состоянии раздробленности: большая часть ее земель была в составе польских и литовских владений. Перед московскими князьями стояла одна из трудных задач — объединение земель. Задача эта требовала твердой власти, способной направлять все силы страны к одной цели. Московские князья не имели еще достаточного авторитета — удельная система была еще сильна. Для объединения земель необходимы были два фактора: твердая власть Великого Князя и централизованная система управления страной. Эти два фактора и служили основой в процессе объединения отторженных земель.