Для Лос-Аламосской лаборатории сделали исключение. В ее библиотеке появились отчеты из других отделов и лаборатории, а с переводом в Лос-Аламос ученых из других подразделений поступило много новой ценной информации. Правда, за доступ к информации ученые заплатили ограничением личной свободы: с самого начала лаборатории были окружены оградой и охрана пропускала туда только лиц, имевших разрешение. Еще одна ограда окружала весь городок. При входе и выходе проводилась проверка. На любые поездки требовалось разрешение. За каждым работавшим велось тщательное наблюдение. Районы Лос-Аламоса, Ок-Риджа и Хэнфорда находились под постоянным контролем служб безопасности, на всех подъездных путях к этим районам круглосуточно дежурили специальные патрули. Жители трех засекреченных городов могли отправлять и получать корреспонденцию только через цензуру, телефонные разговоры прослушивались.
Любая почтовая корреспонденция должна была посылаться по следующему адресу: «Служба инженерных войск Американских вооруженных сил. Почтовый ящик № 1539. Санта-Фе, Нью-Мексико». Агенты контрразведки вскрывали и проверяли корреспонденцию. Если семья ученого или служащего получала разрешение на проживание в Лос-Аламосе, она уже больше не могла его покинуть. Ученым дали другие фамилии и кодовые военные клички. У Гровса таких кличек было несколько, в частности «Утешение» и «99». Артур X. Комптон назывался «А. X. Комас» или иногда «А. Холли». Уильям С. Парсонс стал называться «Судьей», Нилъс Бор «Никола Бейкером», а Энрико Ферми — «Генри Фомером».
Лаборатория, в Нью-Мексико, расположенная на территории Лос-Аламоса, получила название «Участок Y», а газообогатительный завод в Ок-Ридже (штат Теннеси) — «К-25».
За три года до того как бомба появилась на свет, она уже носила различные названия: «Агрегат», «Устройство», «Штучка», «Существо». «S-1». Позднее урановая бомба, спроектированная по принципу орудийного ствола, была названа «Большой худышкой». Поскольку плутониевая бомба должна была иметь центральное сферическое ядро, необходимо было предусмотреть значительно более крупную оболочку снаряда, поэтому бомба получила название «Толстяк». Когда в дальнейшем было принято решение укоротить пушкообразную трубу «Большой худышки», бомба стала называться «Малышом».
В служебных помещениях и на многих частных квартирах были тайно установлены звукозаписывающие аппараты, а к ведущим специалистам приставлены так называемые телохранители, которые не спускали с них глаз.
Манхэттенский инженерный округ был отнесен к высокой категории по снабжению всем необходимым. Щедро финансируемый, он рос как на дрожжах. Спешно подыскивались земельные участки для новых предприятий и лабораторий.