В тот же день 15-го заместителем наркома, и заместителем начальника ГУГБ и одновременно начальником 1-го отдела (охрана) стал комиссар госбезопасности 3-го ранга Владимир Курский. 14 июня, когда будет арестован Лев Миронов (Каган), оставаясь заместителем наркома, Курский возглавит 3-й Контрразведывательный отдел. Но не надолго, 8 июня 1937 года он застрелится в Москве.
Между тем через день после назначения Курского руководителем охраны правительства, 17-го числа был арестован занимавший этот пост с 25 декабря 1936 года комиссар ГБ 2-го ранга К. Паукер. Карл Паукер родился во Львове, находившемся тогда на территории Австро-Венгрии. Он получил домашнее образование и работал в парикмахерской отца, затем служил в Австро-Венгерской армии, где дослужился до фельдфебеля. Во время Первой мировой войны Паукер попал в русский плен, а 1920 году стал уполномоченным ИНО Управления Особого отдела ВЧК. Позже работал начальником оперативного отдела ГПУ-ОГПУ, а с приходом в НКВД Ежова, в ноябре 1936 г. он возглавил 1-е отделение ГУГБ, занимавшееся охраной членов Политбюро и правительства.
Нет, Ежов не плел паутину, вылавливая «невинные» жертвы. Фактически он шел уже по проложенному следу, возвращая действие к тому моменту, на котором в начале 1935 года Сталиным было прервано дело «Клубок». Но пока в кабинетах лубянских следователей шли «застольные беседы» офицеров ГБ со своими бывшими коллегами, вождь занимался вопросами совершенно иного характера.
23 апреля Политбюро приняло постановление о выведении из подчинения ряда крайкомов (Северо-Кавказского, Сталинградского, Саратовского, Свердловского, Ленинградского и Восточно-Сибирского) парторганизаций автономных республик – Дагестанской, Кабардино-Балкарской, Калмыцкой, Северо-Осетинской, Чечено-Ингушской, Немцев Поволжья и др. С 1 июня они подчинялись напрямую ЦК ВКП(б). Казахстанский крайком и Киргизский обком преобразовывались в ЦК КП(б) Казахстана и Киргизии, а вместо Закавказского крайкома создавались ЦК компартий Азербайджана, Армении и Грузии. Таким образом, число национальных компартий увеличивалось с пяти до 16. Фактически этим решением расширялась самостоятельность национальных союзных и автономных республик.
Еще одна реформа системы управления напрямую касалась усиления подготовки страны к возможной войне. 25 апреля решением Политбюро был упразднен «Совет труда и обороны при СНК». Взамен образовывался Комитет обороны под председательством председателя СНК Молотова. В его состав вошел Сталин и наркомы: путей сообщения Каганович, обороны Ворошилов, оборонной промышленности Рухимович, тяжелой промышленности Межлаук и заместитель председателя СНК Чубарь. Кандидатами стали начальник политуправления РККА Гамарник, секретарь ЦК Жданов, наркомы внутренних дел Ежов и пищевой промышленности Микоян.