В ней указывалось на возрастающую активность германских разведорганов. Об организации ими в СССР актов террора и диверсий, а также «массовой работы в среде немецкого населения» с целью создания «повстанческой базы». А очередным циркуляром от 3 апреля нарком уведомлял руководство ГУГБ «о вскрытых антисоветских организациях троцкистов и правых в военно-химической промышленности».
Однако одновременно получила развитие еще одна линия, в конечном итоге приведшая к раскрытию истоков заговора военных. В этот же день (3 апреля) был арестован Н.Г. Егоров – начальник размещавшейся в Кремле школы им. ВЦИК – «кремлевский караул», осуществлявший охрану членов правительства. Чтобы понять общую логику арестов, следует пояснить, что Марк Гай, до удаления его Ежовым из Москвы, осуществлял контроль в армии со стороны органов госбезопасности. Причем в первой половине 30-х годов Егоров подчинялся коменданту Кремля Петерсону, который, в свою очередь, был связан по должностным обязанностям с секретарем ВЦИК Енукидзе. В разное время охраной руководителей государства руководили Шанин и Паукер. Но 11-го числа под арестом оказался и бывший заместитель Ягоды Г.Е. Прокофьев.
Первые допросы Ягоды в качестве обвиняемого состоялись 2 апреля. Их провели: начальник отделения 4-го секретно-политического отдела ГУГБ капитан ГБ Коган и оперуполномоченный 4 отдела ГУГБ лейтенант Ларнер. Следствие началось с выяснения характера взаимоотношений бывшего наркома с его подчиненными Лурье, Воловичем и другими сотрудниками из «чекистского» аппарата. В числе первых вопросов, которые интересовали Когана, были контакты подчиненных Ягоды с германскими фирмами «Борзинг» и «Леапж», представители которых ранее «разрабатывались» ИНО, как германские шпионы.
В середине апреля 1937 года Ежов произвел важные рокировки в аппарате НКВД. Являвшийся заместителем наркома с 16 октября 1936 г., Михаил Фриновский 15 апреля был повышен в должности до 1-го заместителя. Одновременно его назначили начальником 1-го Главного управления госбезопасности. Занимавшего эти посты с 29 декабря 1936 г. Янкеля Агранова перевели начальником 4-го секретно-политического отдела и понизили до заместителя наркома. Спустя месяц, 17 мая Ежов направит его начальником управления НКВД по Саратовской области; однако арестуют Агранова только 20 июля 1937 года. Напомним, что Я. Агранов начинал работу в ЧК еще в начале 20-х годов. Именно он вел дело Николая Гумилева, а в 1934 году приказал арестовать Клюева и Мандельштама. Он вел «Шахтинское дело», «Дело Промпартии», дело об убийстве Кирова, «Кремлевское дело» и другие расследования, закончившиеся громкими процессами.