По окончании учения у Жирарде встал вопрос о дальнейшем образовании. Родители желали, чтобы сын завершил образование в России. Хотя семейная традиция требовала определения его на военную службу, родители под влиянием общественной атмосферы 60-х гг. решили дать ему сначала высшее, университетское образование. Как люди богатые и не жалевшие средств для воспитания единственного сына, в поисках репетитора они обратились не к кому-нибудь, а к академику А.В.Никитенко, известному в свое время литератору, ученому-филологу и цензору, оставившему заметный след в истории русской литературы. В качестве репетитора Никитенко рекомендовал популярного тогда педагога Л.Н.Модзалевского, друга и единомышленника К.Д.Ушинского, отца будущего известного пушкиниста Б.Л.Модзалевского. В 1897 г. вышла из печати его мемуарная книга «Из педагогической автобиографии». В ней есть строки и о подготовке Скобелева. В «Русской Старине» было опубликовано письмо к нему его ученика. Между прочим, это Модзалевскому принадлежат знаменитые, известные многим поколениям русских и советских школьников стихи «Кончил дело — гуляй смело».
Для оценки воспитательного влияния репетитора важным является следующий факт. Во время учебы в Гейдельбергском университете Модзалевский, будучи главой русского землячества, организовал сбор денег с целью обеспечения поездки Н.И.Пирогова в Италию для лечения раненого Гарибальди. От денег Пирогов отказался, но к Гарибальди, в сопровождении Модзалевского, поехал и вылечил его раненую ногу. Вряд ли Скобелев мог об этом не знать. Несомненно также, что Модзалевский воспитывал своего ученика в духе демократических идей 60-х гг.
После занятий с Модзалевский, продолжавшихся с 1858 по 1860 г., 21 мая 1860 г. на квартире графа А.В.Адлерберга, сын которого проходил подготовку вместе с молодым Скобелевым, в присутствии нескольких профессоров и попечителя учебного округа состоялся «предварительный» экзамен. Экзамен прошел, по словам А.В.Никитенко, «с большим успехом». Решено было поступление Скобелева на математический факультет Петербургского университета.
Вступительные экзамены проходили в мае 1860 г. О некоторых обстоятельствах, сопровождавших эти экзамены, и о впечатлении, которое в те годы производил Скобелев на окружающих, можно составить представление по воспоминаниям А.Ф.Кони, известного судебного и общественного деятеля, патриарха пореформенной русской юриспруденции. «Толпа экзаменующихся в этот последний день была особенно оживлена, — вспоминал Кони много лет спустя. — Из нее вышел ко мне навстречу молодой стройный человек высокого роста, с едва пробившейся пушистой бородкой, холодными глазами стального цвета и коротко остриженной головой. На нем, по моде того времени, были широчайшие серые брюки, длинный белый жилет и черный однобортный сюртук, а на шее, тоже по моде того времени, был повязан узенький черный галстук с вышитыми на концах цветочками. Манеры его были изысканно вежливы и обличали хорошее воспитание… — Извините, — сказал он мне, — я знаю, что вы отличный знаток математики, а у меня — и он слегка покраснел — вот какая беда: я не приготовил двух последних билетов из тригонометрии, да и вообще слаб по этой части и сам себе помочь не могу. Не можете ли вы мне объяснить их?.. Я с удовольствием согласился; мы сели в сторонке за край большого стола, и я преподал моему неожиданному ученику два тревожившие его билета, повторил свое объяснение и предложил ему попробовать мне ответить. Ответ обличил его чрезвычайную понятливость… Мы расстались…» После экзамена «…вышел мой незнакомец. Его красивое лицо было радостно взволновано. Он быстро подошел ко мне и, протягивая обе руки для крепкого рукопожатия, воскликнул: — Представьте! Последний билет! Последний!!! И — весьма удовлетворительно! Как я вам благодарен! Мы, конечно, будем встречаться. — Вы ведь, без сомнения, юрист? — Нет, я иду на математический факультет по чисто математическому разряду. Но, все-таки, мы будем встречаться. Не правда ли? — Конечно, — отвечал я».