Успешно сдав остальные экзамены (тригонометрия была последней), Скобелев был принят в университет. Но учеба продолжалась недолго. Волнения среди студентов, связанные с революционным подъемом 60-х гг., побудили правительство 20 декабря 1861 г. закрыть университет, как оказалось, на целых три года. Да Скобелева и не привлекала математика и вообще гражданское поприще. Он мечтал не о студенческой тужурке, а о военном мундире и с завистью смотрел на своих сверстников, уже носивших эполеты. Мечты о военной карьере были связаны и с примером отца и деда. Не будем забывать, что в ту пору военная служба в дворянских семьях была большей частью наследственным занятием, переходившим от поколения к поколению. Будучи студентом, Скобелев просиживал свободное время не над университетскими лекциями, а над книгами по военным наукам. Поэтому закрытие университета стало для него, наверное, желанным предлогом, чтобы расстаться с гражданской жизнью и связать свою судьбу с военной службой.
22 ноября 1861 г. Скобелев поступил вольноопределяющимся в Кавалергардский полк; с 19 декабря того же года — юнкер; 8 сентября 1862 г., по сдаче экзамена на офицерский чин, — портупей-юнкер; 31 марта 1863 г. произведен в корнеты. Но дальше продолжать службу в Кавалергардском полку Скобелев не смог. Как говорится в документе из полкового архива (дело № 28 от 7 марта 1864 г.), от нескольких падений с лошади у Скобелева появились боли в груди, которые усиливались при ношении кирасы, почему полковой лекарь рекомендовал «переменить род службы и поступить в легкую кавалерию». 19 марта 1864 г. Скобелев был переведен в Гродненский полк, не такой блестящий, как Кавалергардский, но тоже гвардейский, лейб-гусарский, тот самый, в четвертом эскадроне которого в 1838 г. служил другой корнет — М.Ю.Лермонтов. Получив отпуск и направляясь в полк, Скобелев по дороге примкнул к Преображенскому полку, преследовавшему один из польских повстанческих отрядов, и с ним остался на весь отпуск. В боях с повстанцами он получил свое боевое крещение. Уже эти первые шаги обнаружили те качества, которым Скобелев был обязан своей блестящей карьерой: военный талант и личная храбрость, сочетавшаяся с великодушием к побежденным. За участие в этой кампании он получил и первую награду — орден св. Анны IV степени с надписью «За храбрость».
Над смыслом польского национального движения Скобелев тогда не задумывался, общественные вопросы его в ту пору не занимали, интерес к ним придет позже. Это был просто честолюбивый, с юношески воинственными наклонностями молодой человек, мечтавший о войне, подвигах и славе. Но после польского восстания он не мог найти применения своей жажде боевой деятельности. Россия в это время не вела войн. На Западе в 1864 г. шла только одна война — Пруссии против Дании, точнее, австро-прусско-датская. Скобелев испросил заграничный отпуск, но на войну опоздал. Однако он изучил театр военных действий и новинки военной техники. Его особенно интересовало действие новых игольчатых ружей, которые, как ожидалось, должны были произвести переворот в тактике. 30 августа он был произведен в поручики.