В 1866 г. Скобелев решил поступить в Николаевскую Академию Генерального штаба. Это решение было продиктовано присущей ему жаждой знаний, но немалую роль сыграли, конечно, и соображения карьеры. При поступлении подготовка его была признана блестящей, способности — отличными. Но учеба Скобелева несколько разочаровала начальство и преподавателей. По их мнению, Скобелев не был достаточно старательным и показывал знания худшие, чем мог бы, отчего он приобрел репутацию способного, но ленивого. В действительности Скобелев работал очень много, но, как это часто бывает с незаурядными людьми, тяготился учебной рутиной и имел собственное мнение о том, что ему нужно и чего не нужно. Свое свободное время он отдавал чтению и проработке интересовавших его военно-научных книг, отдавая предпочтение вопросам стратегии и ее воплощению полководцами разных стран в минувших войнах. Нередко он составлял по прочитанному записку, нечто в роде доклада, посвященного походам Наполеона или какому-нибудь событию из русской военной истории, и читал его товарищам по учебе. Такие чтения вызывали у них живой интерес и бурные дискуссии. Но начальству эта работа оставалась неизвестной, и оно по-прежнему считало, что Скобелев ничего не делает. Сложившееся о Скобелеве мнение не изменило и появление в «Военном сборнике» его первого печатного труда — статьи «О военных учреждениях Франции». Профессору военной истории А.Витмеру Скобелев признался, что хочет совсем бросить академию. Витмеру удалось его отговорить, но к учебе Скобелев оставался равнодушен. Он оживлялся и показывал свои настоящие способности, лишь когда дело касалось его любимых дисциплин. Получив учебное задание, в котором предлагалось найти способ прикрыть Аугсбург от наступления с севера, он изучил карту Баварии и пришел к выводу, что это невозможно и что единственный выход — наступление. Свой вывод он обосновывал с такой убедительностью и увлеченностью, что захватил всех присутствовавших. «Упоминаю об этом случае потому, — вспоминал Витмер в 1908 г., — что он ярко рисует, как Скобелев неохотно укладывал себя в готовые рамки, каким могучим духом инициативы он проникнут был просто по своей натуре: живой, деятельной, смелой, и как это свойство своей натуры он выказывал даже среди скучных учебных занятий».
Выпускные экзамены, проходившие летом 1868 г., Скобелев сдал довольно посредственно и лишь в своей любимой области поразил профессоров. Ему достался вопрос о Рымникском сражении. Витмер считал его неинтересным с точки зрения военного искусства, но изложение Скобелева было таким захватывающе увлекательным, что сосед Витмера по экзаменационной комиссии, толкнув его в бок, шепнул: «Это профессорская лекция», на что Витмер отвечал: «И профессора талантливого! Думаю, это не будет преувеличением, — продолжал Витмер, — если скажу, что хотя в академии я не раз слышал от офицеров прекрасные ответы на экзаменах, но такого