План операции, разработанный под руководством Минору Генды — лучшего штабиста Объединенного флота, представлял собой сложную многоходовую комбинацию: сперва соединение Нагумо сосредотачивается на Курилах и скрытно выдвигается в район южнее Алеут, маскируясь в зоне плохой погоды. Затем наносится массированный авиаудар по Датч-Харбору и основным аэродромам в окрестностях. На западные и центральные Алеуты высаживается десант, под прикрытием сил вторжения Кондо (включающие в себя среди прочего 2 линейных крейсера типа "Конго" и 4 тяжелых крейсера типа "Могами"). Соединение Нагумо, после нанесения удара, оттягивается южнее с целью прикрыть силы вторжения от флота США, подходящего с Гавайев для контратаки. Севернее Гавайев заранее развертывается завеса подводных лодок для контроля за перемещениями американских оперативных соединений. Также для этой цели организуется специальная операция с участием гидросамолетов с Мидуэя. Параллельно с наступлением на Алеуты, готовится отвлекающая набеговая операция против передовой американской базы на атолле Джонстон, расположенном в 700 милях к юго-западу от Гавайев. В этой отвлекающей операции задействуются легкие авианосцы "Рюдзе" и "Дзунье", два тяжелых крейсера и несколько эсминцев.
Проблема для японцев заключалась в том, что американцы к этому времени уже довольно уверенно расшифровывали японские переговоры, что позволило Нимицу вскрыть общий замысел японской операции. Соблазн был слишком велик, и командование Тихоокеанского флота решило "подловить" японцев на контратаке, используя все 5 своих авианосцев и базовую авиацию на Алеутах. В связи с этим, группировка на Алеутах начала усиливаться. Туда отправлялись береговые РЛС, самолеты, войска. Велись также усиленные работы по инженерной подготовке района. Флот был представлен в операции двумя соединениями: ТФ16[87] Спрюэнса (три новейших авианосца типа "Йорктраун", линкор "Норт Каролина", а также крейсера и эсминцы эскорта) и ТФ17 Флетчера (два авианосца типа "Лексингтон", линкор "Вашингтон", крейсера и эсминцы).
Японцы в свою очередь смогли вскрыть развертывание американского флота лишь частично, обнаружив выход из Перл-Харбора и выдвижение на север соединения Спрюэнса. Выдвижение соединения Флэтчера из Сан-Диего осталось незамеченным и его появление в районе грядущего сражения стало неожиданностью для Нагумо. Весьма неприятной неожиданностью.
* * *
Подготовительный период закончился в последних числах июня, а вместе с ним закончилась и оперативная пауза, длившаяся на тихоокеанском театре с середины мая. Основные фигуры предстоящей партии были расставлены, и 29 июня 42 года Ямамото дал отмашку к началу операции. Дальше события понеслись вскачь. Отвлекающая операция против атолла Джонстон прошла по плану, но отвлечь силы и внимание американского командования от основной операции по понятным причинам не смогла. Японская палубная авиация достаточно успешно атаковала объекты на атолле, а на обратном пути японские авианосцы подверглись атаке "Летающих крепостей" с Оаху без последствий для обеих сторон. Собственно на этом участие в операции южной ударной группы завершилось.