По поводу первоиерарха возникла дискуссия. То ли это будет просто первенствующий член Синода, избранный на («оборе, то ли это будет, действительно, Патриарх с соответствующим титулом. В частности, в этом отделе 14 членов выступали за то, чтобы патриаршество было восстановлено, а — против того, чтобы был восстановлен патриарший титул первоиерарха. Среди противников восстановления были профессор Бриллиантов, Голубинский, Самарин. Аргументы были разные. Самарин, в частности, исходил из практических соображений: он говорил, что Государю Николаю II будет сложно принять эту идею, что он не согласится с тем, чтобы был Патриарх, чтобы происходило некое умаление власти Государя. Голубинский, хотя и был историком, человеком, очень хорошо знавшим то, как у нас патриаршество возникло, как оно существовало, считал, что патриаршество будет постоянно ограничивать соборное начало в Церкви и будет противоречие между Собором и Патриархом. Разные были аргументы, но большинство высказывались за восстановление патриаршества.
Высказывались и за расширение числа постоянных и присутствующих членов Синода. Обер–прокурору предлагалось занять очень определенное место — обер–прокурор отныне не должен присутствовать на заседаниях Синода, он должен лишь наблюдать за тем, чтобы синодальные указы не нарушали существующего государственного законодательства. И если таковые указы появлялись бы, он не мог их запретить, он должен был апеллировать к Государю по этому поводу — место еще более скромное, нежели то, которое представил обер–прокурору в свое время Петр I. Все эти преобразования предполагали соответствующие изменения в государственных законах, в основных законах Российской Империи.
* * *
В процессе работы Предсоборного Совещания в апреле 1906 года произошло изменение Основных Законов Российской Империи, была установлена Дума как законодательный орган власти, был принят указ о веротерпимости. Предсоборное Присутствие предложило проект изменений Основных законов Российской Империи, содержащий в себе 12 пунктов. Они должны были в условиях появления Думы еще до Собора защитить Церковь от вмешательства светских органов власти. Что конкретно имелось в виду?
Русская Православная Церковь обладает правом установления для себя новых законов с согласия Императора. Государь обладает правом просматривать законопроекты грядущего Всероссийского Собора и будущих периодических Соборов.
Только Император со стороны государства мог влиять на законотворчество Церкви, и только он окончательно имел бы право утверждать церковные законы.