То, что Собор оказался отложенным на неопределенное время, конечно, религиозную ситуацию в стране не улучшило, потому что все те законодательные акты, которые неизбежно активизировали деятельность других религиозных конфессий, принимались. Преобразования, которым положил начало манифест 17 октября 1905 года, проводились в жизнь, Русская Православная Церковь продолжала оставаться скованной, а инославные конфессии и нехристианские религии получили гораздо большую свободу, что было окончательно закреплено в апреле 1906 года указом о веротерпимости. Случилось то, чего опасался более всего митрополит Антоний (Вадковский).
Перед Церковью ставились и новые задачи, которые требовали решений, не имевших прецедентов в предшествовавшей русской церковной истории. В частности, манифест 17 октября 1905 года и внесенные на основе его изменения в Основные Законы Российской Империи, создали у нас орган, ограничивающий власть Государя — Государственную Думу с законодательными функциями. Таким образом, у нас началось преобразование монархии из неограниченной в конституционную, а, значит, возникала следующая ситуация: отныне все основные законы в России принимались после обсуждения и принятия их Государственной Думой, Государственным Советом и Императором. Имея в виду то, что многие государственные законы не могли не касаться Церкви, причем Православной Церкви прежде всего, ибо она была не только не отделена от государства, а находилась под особой государственной опекой, получалось так, что решения, важные для Русской Православной Церкви, принимались в государственных органах, которые уже никак — ни исторически, ни практически — не могли быть связаны с православной церковной жизнью. Если Государь Император миропомазан на царство и находится в исторически очень древней связи с церковной жизнью, то Государственная Дума, в которую должны входить люди, не только не православные по вере, но и антицерковно настроенные, — какое она может иметь отношение к принятию решений, касающихся Церкви?! Но, тем не менее, такой орган был создан.
Теперь не только Государь, но и депутаты Государственной Думы решали вопросы, которые являются прерогативой только церковной иерархии. И в этой связи, естественно, встает очень важный вопрос: а как духовенству относиться к участию в Государственной Думе? Если этот орган будет решать вопросы, касающиеся церковной жизни, а в этот орган люди будут избираться, то, может быть, стоит представителям духовенства также баллотироваться на выборах в Государственную Думу, чтобы, работая в ней, пытаясь в рамках той системы, которая сложилась, добиваться для Церкви каких–то приемлемых законодательных решений? Серьезный вопрос, тем более, что, например, финансовые ассигнования на Церковь уж безусловно, как все бюджетные вопросы, утверждались Думой. В этой сфере права Думы были очень широкие.