И вот он снова в Антиохии: в 380 г. становится диаконом, в 386 г. — священником, причем соглашается на священство без колебаний: слишком высоко ставит он в своем Трактате о священстве жертвенный смысл этого служения. Он неумолимо проповедует, порою по два часа подряд, при восклицаниях и рукоплесканиях народа; комментирует Писание, особенно Послание к Римлянам: все есть благодать — следовательно, «мы можем, если хотим». Поскольку мир, включая императора, стал христианским, Иоанн проповедует против оставшихся позади безнравственных меньшинств, прежде всего против навеки проклятых иудеев — здесь мы встречаемся с текстами, положившими начало христианскому антисемитизму. Особенно часто он выступает с проповедями, обличающими суеверия, языческие празднества, театр («христианизация» оказывалась часто недолговечной «этизацией», но здесь нужно почувствовать переход от «цивилизации театра» к «цивилизации литургии»). Наконец, он проповедует отказ от роскоши и праздности богачей, общность имущества, освобождение рабов, труд, индивидуальное и коллективное распределение благ (он набрасывает план уничтожения нищеты в Антиохии), ибо «твое» и «мое» суть пустые слова, действительно важно лишь общее пользование. Социальное, по Иоанну, сакраментально. При этом он ссылается на двадцать пятую главу Матфея: бедняк, подобно священнику, есть «второй Христос»; «таинство жертвенника» должно продолжаться «на улице» в «таинстве брата». В то же время этот некогда непримиримый аскет, несомненно мечтавший превратить все общество в один огромный монастырь, этот певец девственности постепенно переходит к утверждению того, что брак есть «таинство любви», семья — «малая церковь», а подлинная девственность — духовная чистота, возможная и в человеческой любви.
В 397 г. Иоанн против воли был избран столичным архиепископом. Причиной избрания стала его слава как оратора. В Константинополе он привлекает к себе народ, открывает больницы и приюты, евангелизирует сельскую местность и осевших на территории империи готов. Он сурово борется с еретиками, но отвергает помощь светских властей. Здесь же он заканчивает свои замечательные гомилии О непостижимости Божией: Недоступный «из любви нисходит» к нам; Сын, невидимый образ Бога, становится видимым в воплощении. Узреть Бога — значит встретиться со Христом и с ближним. Иоанн уточняет лексику молитвы и трезвения (nepsis) как «духовного поста».
Но прежде всего Иоанн был апостолом–очистителем перед лицом власти. Он противостоял Евтропию, всемогущему министру, когда тот хотел отменить право убежища в церкви, но защитил его от мятежников, когда впавший в немилость Евтропий искал укрытия в базилике. Иоанн хотел реформировать высший клир, предотвратить преследования монахов–оригенистов со стороны епископа Александрийского, улучшить нравы двора и особенно императрицы — «новой Иродиады». Все это вынудило врагов Иоанна сплотиться. В 403 г. он был незаконно низложен со своей кафедры, а в 404 г. выслан в Малую Армению, где провел три года — на свободе, но под наблюдением властей. Здесь он постигает терпение Иова, первостепенное значение милосердной любви и тот факт, что не так страшен ад, как потеря присутствия Царства. Он осознает, что распятие было публичным, а воскресение совершалось втайне, но истинная слава отождествляется с крестом.