Бехтерев после Октября без колебаний встал на сторону революционного народа. Лечебные учреждения Психоневрологического института сразу же были переданы Советской власти и активно занимались лечением раненых и больных защитников революции. В мае 1918 года Бехтерев предложил Петроградскому Совету передать в ведение Психоневрологического института военный госпиталь, разместившийся на территории института за Невской заставой. Предложение Бехтерева поддержали Военно-санитарное управление и Совет врачебных коллегий. В результате медицинский факультет Психоневрологического института получил дополнительно большую лечебную базу, на которой его сотрудники и студенты, прилагая все силы, занимались восстановлением здоровья бойцов и командиров Красной Армии.
С 27 февраля 1919 года при этом госпитальном учреждении Психоневрологического института по предложению Бехтерева были организованы курсы лекарских помощников (лекпомов) для Красной Армии. Они сыграли значительную роль в обеспечении кадрами медицинских работников Красной Армии. В годы гражданской войны курсы подготовили 506 лекпомов (ротных фельдшеров).
Несмотря на то, что в стране не хватало врачей, фельдшеров и других медицинских работников, и к тому же часть их избегала сотрудничества с новой властью, здравоохранение в Советской России строилось и постепенно крепло. В июле 1918 года в Москве состоялся I съезд здравотделов с широким рабочим представительством, в резолюции которого высказывалось пожелание о преобразовании Совета врачебных коллегий в полномочный Народный комиссариат здравоохранения. 18 июля 1918 года Председателем Совнаркома Лениным было утверждено положение о Наркомздраве. Первым народным комиссаром здравоохранения стал Н. А. Семашко. Ученый совет при Наркомздраве возглавил невропатолог, профессор Московского университета Л. А. Тарасевич. Бехтерев входил в состав этого совета как представитель от Психоневрологического института.
Психоневрологический институт после Февральской революции переживал крайне трудное время по ряду причин. Одна из них заключалась в сразу же возникших финансовых трудностях. И лишь после Октябрьской революции научные учреждения института и входивший в его состав 2-й Петроградский университет были взяты на государственный бюджет. Уже 24 марта 1918 года Психоневрологический институт пополнился новым научно-исследовательским учреждением, вошедшим в его состав, — Психиатрическим институтом, создание которого планировалось еще десять лет назад. Его создали по настоятельному предложению Бехтерева на базе Центрального психиатрического госпиталя Красного Креста. В дальнейшем этот институт переместился в здание бывшего Противоалкогольного института на Казачьей улице. В июле 1919 года Психиатрический институт получил наименование Психорефлексологического. Летом 1922 года в его состав вошла нейрохирургическая клиника, которую до революции возглавлял переселившийся теперь в родную Эстонию Л. М. Пуссеп. Директором института стал Бехтерев. Под его руководством в институте работали В. Н. Мясищев, Р. Я. Голант, А. Г. Иванов-Смоленский и другие крупные специалисты. Психорефлексологический институт занимался изучением причин и клинических проявлений психических заболеваний и наркоманий, а также методов их лечения. При этом много внимания уделялось разработке методик лечения внушением под гипнозом и, в частности, групповой психотерапии под гипнозом больных алкоголизмом.