14 мая 1918 года Бехтерев передал в Народный комиссариат просвещения план организации и смету задуманного им нового научно-исследовательского учреждения — Института по изучению мозга и психической деятельности. Уже через три дня состоялось предварительное обсуждение предложения Бехтерева, а 10 июня последовало решение о создании такого института. На оставшуюся часть года институту выделялось 897 тысяч рублей. Новому институту, который нередко даже в официальных документах именовали просто Институтом мозга, Ленинградский Совет передал великолепное здание бывшего дворца великого князя Николая Николаевича на Петровской набережной Невы и расположенное позади него шестиэтажное здание.
К многочисленным обязанностям Владимира Михайловича добавилось руководство новым учреждением. Его задачи Бехтерев определял как изучение мозга и человеческой личности в условиях ее правильного развития. К работе там Бехтерев привлек выдающихся специалистов: академика А. Я. Данилевского, профессоров В. И. Вартанова, В. М. Нарбута, А. А. Крогиуса, В. П. Кашкадамова и многих других. Обязанности хранителя созданного при институте музея мозга возложили на Е. Н. Павловского. Позже его сменил В. Н. Тонков.
Институт по изучению мозга и психической деятельности состоял из четырех отделов: мозга, психологии и рефлексологии, воспитания, труда; в нем были организованы лаборатории: анатомии мозга, физиологии мозга, биохимии мозга, бактериологии, экспериментальной психологии, рефлексологии, школьной, умственной и нервной гигиены, а также лаборатория психотерапии с амбулаторией.
Вскоре после создания Институт по изучению мозга и психической деятельности стал одним из крупнейших научно-исследовательских учреждений страны. Здесь под редакцией Бехтерева стал издаваться журнал «Вопросы изучения и воспитания личности». Первый номер, вышедший в конце 1919 года, открывала статья Бехтерева «Основные задачи рефлексологии физического труда». В ней, в частности, говорилось: «Русская революция раскрепостила пролетариат, дала ему права, улучшила его материальное положение, но не создала еще соответствующей обстановки и условий для труда; и теперь настал момент сказать, что труд должен быть облагорожен во всех отношениях, не исключая и его обстановки.
Но мало этого, нужно еще заинтересовать рабочего в самом труде, ибо интерес, представляющий собою особое эмоциональное состояние с положительным характером, является одним из важнейших стимулов, способствующих успешности труда. Создать не только экономическую, но и моральную заинтересованность рабочего в труде является поэтому важнейшей задачей народного хозяйства».