В то время, когда иные из интеллигентов надеялись на реставрацию капитализма, а кое-кто из них вздыхал о монархии, Бехтерев заявлял: «Прошлое России… кануло в вечность, и возврата к нему нет. На смену великой России… мы будем иметь великую федерацию народов, объединенных той же Россией, в которой каждый народ, будучи свободным, будет чувствовать себя равным братом в своей семье».
Наличие в Петрограде двух университетов в 1920 году было признано нецелесообразным. Второй Петроградский университет, состоявший из учебных подразделений Психоневрологического института, решили реорганизовать. При этом его юридический и педагогический факультеты передали 1-му Петроградскому университету. Несколько позже педагогический факультет был преобразован в педвуз педологии и дефектологии, а в дальнейшем он слился с Педагогическим институтом имени Герцена. Фармацевтическое и. ветеринарно-зоотехническое отделения 2-го Петроградского университета обрели самостоятельность и были преобразованы в химико-фармацевтический и зоотехнический институты. На базе медицинского факультета тогда же возник Государственный институт медицинских знаний (ГИМЗ) — ныне Санитарно-гигиенический институт. В ГИМЗе и в Петроградском медицинском институте, созданном на базе бывшего Женского медицинского института, Бехтерев возглавил организованные им кафедры рефлексологии.
В 1921 году Институт по изучению мозга и его деятельности, Психорефлексологический институт, Детский обследовательский институт, Отофонетический институт, Институт социального воспитания, впоследствии влившийся в педагогический институт имени Герцена, Воспитательно-клинический институт и другие научные учреждения Психоневрологического института — всего 15 научно-исследовательских институтов — были объединены в Психоневрологическую академию. Это единение многих разнопрофильных институтов было обусловлено стремлением к комплексному изучению проблем развития, строения и функции нервной системы человека, методов воспитания личностей, которые могли бы обеспечить высокий моральный уровень человечества и содействовали избавлению его от бескультурья, войн, нищеты и болезней.
По уставу, утвержденному Наркомпросом, Психоневрологическая академия имела действительных членов, почетных членов, членов-сотрудников, членов-корреспондентов. Руководящим органом академии являлась конференция. Ею из действительных членов избирался постоянно действующий исполнительный орган — президиум. На организационном заседании президиума конференции избирался президент, который фактически являлся главой академии и осуществлял повседневное правление ею, решая массу организационные, финансовых, кадровых, научных и других вопросов жизни этого своеобразного синдиката научно-исследовательских учреждений. Президент академии по уставу избирался на три года. Со дня создания Психоневрологической академии и до конца своей жизни Бехтерев был бессменным президентом Психоневрологической академии и директором наиболее крупных из входящих в нее объектов — Института мозга и Психорефлексологического (позже Патолого-рефлексологического), института.