Реакция наступала. Каждое высщее учебное заведение России стало «конфиденциально» получать списки лиц, которым запрещалось обучение в университетах, институтах и других учебных заведениях, дающих высшее образование. Среди «проступков», послуживших причиной включения в эти списки, значились: «вредное направление образа мыслей», «явное сочувствие революционной пропаганде», «дурное влияние на товарищей», «явное сочувствие вредным учениям». В Медико-хирургической академии особая книга для выписывания имен означенных в секретных списках «нежелательных» лиц была заведена в 1875 году. В нее оказалось внесено немало имен и воспитанников этой академии.
Программа второго курса Медико-хирургической академии была сложной, но это не беспокоило Володю Бехтерева. Чувствовал он себя хорошо и учился успешно. В этот период он стал принимать участие в общественной деятельности и оказался близок к группе студентов, боровшихся за демократизацию порядков в академии и вообще за повсеместное торжество принципов справедливости. Володя стал завсегдатаем сходок, которые стихийно или по чьей-то инициативе возникали в студенческой читальне, а иногда и во дворе академии.
Студенты живо реагировали на разногласия в Конференции, где в это время активную наступательную политику проводила «немецкая партия», возглавляемая профессором Ланцертом. Реакционную немецкую группировку поддерживал известный своим германофильством воспитанник Дерптского университета главный военно-медицинский инспектор Козлов. В спорных ситуациях на ее стороне обычно оказывались и другие высшие чиновники военного ведомства. Еще А. И. Герцен обращал внимание на то, что в правительственных кругах России иностранцы и особенно немцы пользовались особым вниманием и доверием. Он писал, что «в немецких офицерах и чиновниках правительство русское находит именно то, что ему нужно: правильность и бесстрастность машины, прибавьте полное равнодушие к участи управляемых, глубочайшее презрение к народу, полное незнание его характера…» Студенты выступали против засилья немцев в академии. Они возражали против бездушия и формализма в преподавании, нагнетавшихся наиболее ненавистно относившимися ко всему русскому представителями немецкой группировки. Особенно энергично в этот период студенчество ополчилось на заведующего кафедрой физиологии И. Ф. Циона. Уже факт назначения Циона на должность «сверху» вопреки решению Конференции профессоров академии делал его положение «сомнительно законным». Но студентов особенно возмущала постоянная критика Ционом трудов его выдающегося предшественника по кафедре — И. М. Сеченова, которому в 1870 году пришлось подать в отставку и оставить таким образом академию в связи с тем, что не состоялось избрание на кафедру зоологии рекомендованного им молодого ученого И. И. Мечникова.