Цион был опытным физиологом, большим мастером экспериментальных исследований, в связи с чем он пользовался уважением у выпускника университета, начинающего в то время физиолога И. П. Павлова, которого Цион пригласил на свою кафедру в качестве ассистента. Но по своим философским убеждениям Цион относился к числу воинствующих идеалистов. Особенно активно он выступал против основных положений книги Сеченова «Рефлексы головного мозга», в которой автор указывал на возможность изучения физиологическими методами психических процессов. Непримиримо относился Цион и к эволюционному учению Ч. Дарвина, дававшему материалистическое объяснение многообразию существующих на земле видов животных и растений, которому официальные круги могли противопоставить лишь религиозные догмы. Все это, а также откровенно неуважительное отношение Циона к студентам академии привело к тому, что они высказали недоверие к профессору и потребовали его ухода с кафедры. Володя Бехтерев стал одним из инициаторов борьбы за «свержение» Циона.
Студентами Циону был объявлен бойкот. Вмешательство начальника академии, стремившегося уладить конфликт профессора со студенчеством, ни к чему не привело. События в академии приобрели широкую огласку, их подробности смаковались газетчиками. Распоряжением главного военно-медицинского инспектора 20 октября 1874 года были прекращены занятия на втором курсе академии, студентом которого в это время являлся Володя Бехтерев. Инспектор академии зачинщиками конфликта пытался представить нескольких человек, оставленных на втором курсе из-за неудовлетворительных оценок по физиологии. Их арестовали. Но на следующий день на митинг во дворе академии собрались студенты всех курсов. Явившемуся по их требованию начальнику было заявлено, что отставки профессора Циона требуют все, а не только студенты второго курса, что арестованные невиновны и общественность требует их освобождения. О студенческой сходке узнал градоначальник Ф. Ф. Трепов, который направил к академии эскадрон жандармов. Конные жандармы стали разгонять студенческую сходку; часть студентов оказалась оттесненной к Литейному мосту, а затем по мосту на противоположный берег Невы. После этого студенты всех курсов академии не вышли на занятия. 24 октября студенческая сходка повторилась. Начальник академии пообещал сделать все, чтобы арестованные были освобождены, и добился выполнения своего обещания.
Через день на квартире военного министра Милюкова состоялось приватное совещание в связи со студенческими волнениями в академии. Военно-медицинский инспектор Козлов стремился оправдать Циона, он даже высказался о том, что в академии существуют направленные против Циона «подговор и подстрекательство некоторых профессоров». Ему энергично возражал начальник академии Чистович. Министр решил, что конфликт, связанный с Ционом, зашел слишком далеко, и сделал следующее резюме: «Цион должен считать себя оскорбленным и подать в отставку». 28 октября на всех курсах академии занятия возобновились.