Судьба Циона, таким образом, была решена, однако во время связанного с ним инцидента военные власти пришли к выводу о необходимости укрепления своего влияния в академии. 26 ноября 1874 года ими была учреждена не предусмотренная действующим «Положением» и уставом академии так называемая «Временная комиссия по управлению делами Императорской Медико-хирургической академии». Комиссия состояла из группы профессоров, пользовавшихся особым доверием военного министра, во главе ее был утвержден представитель военного министерства генерал-адъютант Непокойчицкий, секретарем комиссии назначили профессора Ланцерта, в руках которого таким образом фактически оказались бразды правления академией. Комиссия подменила главного военно-медицинского инспектора и резко сузила полномочия начальника академии и Конференции профессоров. Ей были переданы даже такие функции, как присвоение ученых званий и заслушивание пробных лекций претендентов на звание приват-доцента. Уже после первого заседания комиссии начальник академии Чистович высказался следующим образом: «Ясно, что с нынешнего дня академическими делами будет управлять Ланцерт как докладчик и Козлов и Юнг как интимные советники его. Начальник же академии будет держаться для вида, пока это нравится хозяевам академических дел». Вскоре Чистович подал в отставку, которая охотно была принята военным министром.
В 1875 году начальником Медико-хирургической академии назначили А. М. Быкова, в прошлом заместителя главного военно-медицинского инспектора. Это был человек откровенно реакционных взглядов, которые, однако, умело маскировал, равно как и истинное, обычно пренебрежительное отношение к тем, кто стоял ниже его. Быков не раз пытался вступать в переговоры со студентами, но доверием у них не пользовался, так как слова его часто расходились с делами. О нем говорили: «Мягко стелет, да жестко спать». Именно в тот период, когда пост начальника академии занимал Быков, по отношению к студентам стали особенно часто применяться жесткие меры (исключение, высылка из Петербурга, аресты).
Конференция профессоров, прекратившая было свое существование, с февраля 1875 года возобновила свою работу. Отношения ее с комиссией определялись временной инструкцией. Комиссия, председатели которой периодически заменялись, просуществовала семь лет, при этом роль ее в управлении академией постепенно уменьшалась.
В мае 1876 года студенты выразили недоверие секретарю комиссии и Конференции профессору Ланцерту. Вгорячах он подал заявление об отставке, но вскоре потребовал его вернуть, ссылаясь на то, что делает это в соответствии с просьбой депутации студентов; к этому времени начались студенческие каникулы. Когда же в сентябре студенты возвратились в академию, они пришли в аудиторию, в которой Ланцерт собирался читать лекцию, и встретили его невообразимым шумом и выкриками «лжец», «долой»; в Ланцерта полетели всевозможные предметы. Появившийся в сопровождении инспекторов начальник академии Быков безуспешно пытался успокоить студентов. Инспекция тем временем составила список из 33 студентов, особенно активно выступавших против Ланцерта. Все они на следующий день были исключены из академии.