Суд под председательством сенатора Фукса непосредственным участникам убийства Александра II вынес смертный приговор. К смерти были осуждены шесть человек: Желябов, Перовская, Михайлов, Рысаков, Кибальчич и Гельфман (последняя, правда, оказалась беременной и потому избегла казни). 3 апреля 1881 года на Семеновском плацу приговор был приведен в исполнение. А в конце того же месяца царь подписал манифест, который, по выражению Ленина, «не обинуясь и прямо» заявлял о незыблемости самодержавия, о сохранении неограниченной власти императора. Реакция наступала.
Реформы 80-х годов не обошли стороной и Медико-хирургическую академию. 10 июня 1881 года Александр III утвердил ее «Временное положение» и устав. В силу этих документов она преобразовывалась в Военно-медицинскую и лишалась последних остатков демократических прав. В академии упразднялись первые два курса. А на третий, ставший самым младшим, принимались лица, проучившиеся два года на медицинских или естественных факультетах университетов. Общее количество студентов академии ограничивалось. Все обучающиеся в ней объявлялись состоящими на военной службе, их обязали принять присягу и носить военную форму, на приобретение которой казна выдавала по 50 рублей. Во время обучения в Военно-медицинской академии все студенты стали получать стипендию в 300 рублей в год. Выпускники академии направлялись на службу по военному или военно-морскому ведомству, по окончании курса им выплачивались положенные офицерам «обмундировочные» деньги. Инспекция академии заменялась курсовыми штаб-офицерами. Академия стала подчиняться, (до особого распоряжения) непосредственно военному министру, которым с начала 1882 года стал сменивший Милюкова генерал-лейтенант П. С. Ванновский.
Таким образом, академия из крупнейшего в России учебного и научного медицинского учреждения превращалась в узковедомственное привилегированное заведение. Ликвидация двух первых курсов академии и соответственно ряда общеобразовательных кафедр, а также сокращение числа студентов приводили к уменьшению научного потенциала этой старейшей высшей медицинской школы и не способствовали росту числа врачей, в которых в ту пору так нуждалась Россия.
«Трудно было примириться с мыслью, — писал один из сотрудников академии, профессор А. П. Дианин, — чтобы для такого учреждения… которое по богатству учебно-вспомогательных средств и по наличию ученых сил могло конкурировать с наиболее выдающимися западноевропейскими медицинскими школами… чтобы для такого выдающегося учебно-образовательного центра навсегда была отведена та скромная роль, которая была определена «Временным положением».