В декабре 1941 г., когда началось контрнаступление наших войск под Москвой, войска Западного, Калининского и Юго-Западного фронтов нанесли мощные удары по войскам группы армий «Центр» и отбросили их на 100-250 км, методы работы диверсионного пункта изменились. Начиная с января 1942 г. вместо переброски диверсионных групп через линию фронта пешим порядком в ближний тыл противника диверсионно-разведывательные отряды особого назначения стали формироваться и перебрасываться на транспортных самолетах. Так, первым диверсионным отрядом в составе 40 человек, переброшенным в район Жиздра – Сухиничи, командовал майор Н.В.Чернов. Отряд имел задачу содействовать наступавшим войскам 10-й и 16-й армий. В феврале в район Пинск – Лунино был переброшен отряд под командованием майора И.Т.Топкина.
В марте 1942 года приказом командования Западного фронта на базе Оперативного диверсионного пункта было создано 6-е диверсионное отделение разведывательного отдела штаба Западного фронта. Именно с этого времени 6-е диверсионное отделение стало именоваться в/ч 9903. В этот период в тыл противника, в том числе в Белоруссию, перебрасывались в основном разведывательные группы особого назначения численностью 4-5 человек со средствами связи. Переброски производились с аэродрома «Монино» Московской области самолетами полка авиации дальнего действия, которым командовала В.С.Гризодубова. Центр имел свою спецлабораторию минно-подрывного и стрелкового дела, автобазу из 30 автомашин.
В декабре 1942 г. в связи с реорганизацией 6-е отделение прекратило свое существование. Все оставшиеся диверсионные группы перешли в подчинение Главного разведывательного управления Генштаба. А.К.Спрогис был назначен начальником штаба партизанского движения Латвии.
Свидетельствуют документы о работе Центра с августа 1941 по август 1942 г., представленные командующему Западным фронтом генералу армии Г.К.Жукову.
Практически за год с помощью местных органов власти и партийных органов центр создал 52 партизанских отряда численностью более 3000 человек. В связи с созданием Центрального штаба партизанского движения руководство партизанскими отрядами в апреле было передано штабам партизанского движения Белоруссии и Литвы, Смоленскому и Калининскому, в том числе и партизанские отряды К.Заслонова и Г.Линькова. Около 300 человек были отправлены в партизанские формирования Орлова на Брянщине и около 200 – в партизанские отряды Медведева на Украине. Партизанский отряд испанцев (100 человек) поступил в распоряжение командования Юго-Западного фронта.