После успешного завершения второй фазы снова начинается маневренная война, когда китайцы переходят в контрнаступление против уже измотанного в боях противника. Здесь на сцену вновь появляются партизаны, которые продолжают изматывать противника и отрезать ему пути к отступлению.
Наиболее значительным вкладом Мао Цзэдуна в теорию партизанской войны является его брошюра «Вопросы стратегии партизанской войны против японских захватчиков», вышедшая в свет в 1938 году в Китае. В этой брошюре искусство ведения партизанской войны впервые рассматривается как предмет военной науки.
По мнению Мао, партизанские действия должны быть организованы для того, чтобы способствовать достижению победы. «В партизанской опорной базе создается военный округ, который делится на несколько военных «подокругов»; в каждый военный «подокруг» входит несколько уездов, а каждый уезд делится на несколько районов. При таком делении существует система подчинения районных властей уездным, уездных властей – штабу военного «подокруга», штаба военного «подокруга» – штабу военного округа, а вооруженные силы, в зависимости от их характера, подчинены различным инстанциям. Взаимоотношения между перечисленными инстанциями, в соответствии с изложенным выше принципом, строятся таким образом, что общую линию намечает высшая инстанция, а конкретные действия предпринимаются в соответствии с конкретной обстановкой, и здесь низшим инстанциям предоставляется право действовать независимо и самостоятельно».
Однако ввиду того, что партизанские отряды действуют независимо, высшее руководство ими не должно быть слишком централизованным. На местах командование фактически остается за руководителями партизанских частей, тогда как высшее командование обеспечивает единую для всех стратегию.
По мнению Мао, все действия партизан должны быть согласованы с действиями регулярной армии; партизаны представляют собой особую могучую силу, но сами они не могут нанести поражения противнику; победить противника без их помощи также невозможно; первостепенное значение имеют действия регулярных войск, и партизаны только помогают им завоевать победу; поэтому необходимо обеспечивать постоянное взаимодействие между армией и партизанами, особенно в прифронтовой полосе.
Здесь следует отметить, что в результате такой координации действий партизанские отряды должны получать приказы как от своих высших штабов, так и от штабов армий. По мнению Мао, при выполнении своих задач партизаны всегда должны помнить о взаимодействии с армией; их задача состоит в том, чтобы вести войну в тылу врага и таким образом расширять районы военных действий. Они должны истреблять мелкие неприятельские подразделения и части и тревожить крупные, подрывать моральное состояние войск противника, нарушать его линии снабжения и организовывать партизанские базы. Партизаны должны сражаться с врагом одновременно в нескольких местах, вынуждая его распылять свои силы. Неприятельский тыл должен быть превращен в дополнительный фронт. При таких условиях неприятельские войска не смогут долго противостоять партизанам. Партизан Мао Цзэдун сравнивает с несметным количеством комаров, которые нападают на великана и своими бесчисленными укусами спереди и сзади в конце концов окончательно его изнуряют.